保稅區和出口加工區的實質區別如下：
1、包括範圍不同
保稅區包括20款，即電力建設基金收入、三峽工程建設基金收入、養路費收入、車輛購置附加費收入、鐵路建設基金收入、公路建設基金收入、民航基礎設施建設基金收入、郵電附加費基金收入、港口建設費收入。
而出口加工區包括企業依法交納的增值稅、企業所得稅、資源稅、土地增值稅、城市維護建設稅、房產稅、土地使用稅、車船稅。
2、計算方法不同
保稅區計算公式為：
經營凈收入=經營收入-經營費用-生產性固定資產折舊-生產稅+出租房屋凈收入、出租其他資產凈收入和自有住房折算凈租金等。財產凈收入不包括轉讓資產所有權的溢價所得。
而出口加工區計算公式表示為：人均可支配收入實際增長率= （報告期人均可支配收入/基期人均可支配收入）/居民消費價格指數-100%。
3、服務對象不同
保稅區主要適用於個人和家庭的日常消費支付與轉賬。客戶可以通過個人網上銀行服務，完成實時查詢、轉賬、網上支付和匯款功能。個人網上銀行服務的出現，標誌著銀行的業務觸角直接伸展到個人客戶的家庭PC桌面上．方便使用，真正體現了家庭銀行的風采。
出口加工區主要針對企業與政府部門等企事業客戶。企事業組織可以通過企業網上銀行服務實時了解企業財務運作情況，及時在組織內部調配資金，輕松處理大批量的網上支付和工資發放業務，並可處理信用證相關業務。
4、處理方法不同
保稅區應按年計算，分月或分季預繳。每月終了，企業應將成本費用和稅金類科目的月末余額轉入“本年利潤”科目的借方，將收入類科目的余額轉入“本年利潤”科目的貸方。
然後再計算“本年利潤”科目的本期借貸方發生額之差。貸方余額則為企業實現的利潤總額即稅前會計利潤，借方余額則為企業發生的虧損總額。
而出口加工區認為,所得稅會計的首要目的應是確認並計量由於會計和稅法差異給企業未來經濟利益流入或流出帶來的影響,將所得稅核算影響企業的資產和負債放在首位。而收益表債務法從收入費用觀出發,認為首先應考慮交易或事項相關的收入和費用的直接確認,
從收入和費用的直接配比來計量企業的收益。
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