1.數據采集:物流數據的采集是通過采集子系統從系統內部或外部采集數據，整理成系統要求的格式和形式，再通過輸入子系統輸入到物流信息系統中。這個過程是其他功能發揮作用的前提和基礎。
2.信息存儲:物流數據必須在收集和輸入後、處理前存儲在系統中。即使經過處理，如果信息仍然有價值，就應該保存起來以備將來使用。物流信息系統的存儲功能是保證獲取的物流信息不丟失、不變形、不泄露、妥善整理、隨時可用。
3.信息傳遞:在物流系統中，物流信息必須準確及時地傳遞到各個功能環節，否則信息就失去了使用價值。這就要求物流信息系統具有克服空間障礙的功能。在物流信息系統實際運行之前，我們必須充分考慮要傳輸的信息的類型、數量、頻率和可靠性要求。
4.信息處理:物流信息系統最根本的目的是將輸入的數據處理成物流系統需要的物流信息。
5.信息輸出:信息的輸出是物流信息系統的最後壹個功能，只有實現了這個功能，才能完成物流信息系統的任務。信息的輸出必須是人或計算機容易理解的形式，輸出形式要易讀易懂，直觀醒目。