今年的稅務專項檢查將虛開增值稅專用發票作為了檢查的重點，重點稅源企業屬於大型企業，其盈利渠道靠的是自身的正當經營，壹般不會主動虛開增值稅專用發票。但是，重點稅源企業經營中取得的發票量非常大，如果日常在審核取得的發票上稍有疏忽，就很可能會使虛開的增值稅專用發票流入本企業，並抵扣了其中的進項稅額。近年來，大型企業取得虛開增值稅發票的案件屢見不鮮，給國家和企業都帶來了很大的經濟損失。
查找取得的虛開增值稅專用發票的方法是：根據發生業務的有關原始憑證，壹要核對增值稅專用發票的開具方、收款方、供貨方是否是同壹個企業，如果三者不是同壹個企業，就有可能是虛開發票;二要審核購進貨物是否屬於銷貨方企業的經營範圍，如果貨物不屬於銷貨方企業的經營範圍，那就有可能是虛開發票。對於上述疑點發票，要進壹步向有關單位和當事人進行調查落實，如果確實屬於取得的虛開增值稅專用發票，就應當提前轉出已經抵扣的進項稅額、補繳有關稅款，盡量降低涉稅風險;另外對其中屬於善意取得的虛開增值稅專用發票，還應當及時澄清有關事實，補充有關證據，以備將來向稅務檢查人員解釋說明取得發票的原因，爭取從輕處理。 核查關聯交易業務是否符合獨立企業交易原則
重點稅源企業生產經營規模比較大，壹般都存在子公司、分公司和母公司等這樣的關聯關系，而關聯企業之間常常發生關聯交易，關聯交易歷來都是稅務檢查的重點內容。
因此，重點稅源企業應當重視對關聯交易的自查，審查的內容主要有以下幾個方面：壹是關聯企業之間購銷業務是否按照獨立企業之間的業務往來作價;二是融通資金所支付或者收取的利息是否超過或者低於沒有關聯關系的企業之間所能同意的數額，或者利率是否超過或者低於同類業務的正常利率;三是提供勞務，是否按照獨立企業之間業務往來收取或者支付勞務費用;四是轉讓財產、提供財產使用權等業務往來，是否按照獨立企業之間業務往來作價或者收取、支付費用;五是是否存在未按照獨立企業之間業務往來作價的其他情形。對上述不符合獨立企業交易原則的業務，企業要按照獨立企業之間所能同意的金額重新確立價款、費用，然後進行納稅調整，並補繳有關稅款。 審查發出商品是否存在應計未計收入的情況
重點稅源企業作為大型企業，銷售方式也不同於壹手交錢壹手交貨的商業零售方式，重點稅源企業更多的存在先發出貨物、然後根據收款和開票情況再記銷售收入的情況，發出貨物的時間與記載收入的時間往往並不同步。因此，企業倉庫保管賬上記載的實際發出貨物數量與會計賬簿上記載收入的銷貨數量往往就存在差異，這個差異情況壹直都是稅務檢查的重點。因此，企業在稅務檢查實施之前壹定要重視對上述差異的分析和落實，及早采取措施消除其中存在的涉稅風險。
在現實的生產經營過程中，企業的銷售方式有很多種類。涉及增值稅、消費稅、企業所得稅等稅種的法律、法規，稅法對各種銷售方式的納稅義務發生時間都作了明確的規定。企業對仍然沒有申報銷售收入的發出商品，要逐筆查明具體銷售方式和目前的現狀，對照每種銷售方式所適用的法律法規，對其中符合稅法規定納稅義務發生時間的發出商品，要盡快申報收入並交納有關的稅款;對其中確實沒有達到稅法規定納稅義務發生時間的發出商品，也要充分整理有關的證據材料，以備將來向稅務檢查人員解釋說明有關差異的原因。 核查出口退稅業務是否存在違規行為
目前很多重點稅源企業都存在出口退稅的業務，在今年的稅務專項檢查中，出口退稅業務將是稅務檢查的重點內容之壹。稅務檢查主要目的是要打擊故意騙取出口退稅的行為，但是也有壹些正規出口企業由於在出口退稅業務操作上存在不規範、不準確、不完備，也會出現少繳應納稅款的情況，最終給企業帶來涉稅風險。因此企業對出口退稅業務應當重點進行自查自糾，完善有關程序、手續和單據，盡早消除涉稅風險。
對出口退稅業務的自查應當註重如下幾個方面：壹是企業要審查因各種主客觀原因未申報(或逾期申報)的出口貨物是否及時作出補征稅款處理;二是企業要審查對退關、退運貨物是否按退關、退運貨物的數量、金額核減免、抵、退稅申報，是否存在對未辦理退運的出口貨物沖減出口銷售收入行為。三是審查在來料加工貿易方式下，外貿公司在貨物出口後，是否按規定憑來料加工出口貨物報關單和海關已核銷的來料加工登記手冊、收匯憑證向稅務機關辦理免稅核銷手續，逾期未核銷的是否予以補稅;四是審查企業發生的運費、保費所獲取的支付憑證是否真實、合法、有效，檢查企業發生的運費所列支的範圍是否擴大，保費對應的險種是否屬貨物運輸保險。五是生產出口企業要審查進口保稅料件外發加工運回的邊角料、剩余料件、殘次品、副產品等是否如實申報。 核查是否存在不動產在建工程抵扣進項稅額的問題
重點稅源企業生產經營規模較大，往往根據生產經營的需要，新建、改建、擴建、修繕、裝飾不動產，這些均屬於不動產在建工程。企業在不動產在建工程項目建設過程中，需要購進大量的工程物資，按照增值稅暫行條例及其實施細則的有關規定，用於不動產在建工程的購進貨物或者應稅勞務，其中取得的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。
在稅務檢查中，不動產在建工程是檢查的重點項目之壹，目的是要落實企業是否存在抵扣進項稅額的問題。企業在實際操作中，往往由於疏忽大意或者統計、計算錯誤，造成少轉出用於不動產在建工程的貨物的進項稅額。因此，企業在自查過程中，要重視對不動產在建工程項目的審核，結合在建工程 明細賬、應交稅金應交增值稅明細賬、原材料 或者庫存商品明細賬及涉及的有關憑證，認真核對、計算不動產在建工程中領用貨物是否存在少轉出進項稅額的問題，盡快糾正差錯、消除涉稅風險。