1，主要材料:內資企業需要在工商部門註冊，具有法人資格的公司；沒有禁止申請(包括產業政策、知識產權等。).
2.申請書:包括肥料產品註冊清單和註冊申請書；
3.安全性和有效性資料:包括產品安全性資料、產品有效性資料和現場試驗報告；產品執行標準、產品樣本等。；
4.產品基本信息:包括生產企業基本信息、產品研發報告、肥料樣品、生產工藝信息。
如何申請肥料登記證
1.向省農業廳提交申請。以上材料準備好後，到省農業廳窗口申報申請。省農業廳對材料和實體進行初審，符合規定的，加蓋公章。
農業部行政大廳提交的材料。省級初審通過後，申請人向農業部行政審批大廳提交材料，大廳工作人員對提交的材料進行審核。根據材料的情況，分別作出接受、拒絕和補充材料的決定。
2.秘書處核實樣品。申請人在大廳審核材料的同時，應將肥料樣品提交農業部肥料評審委員會秘書處進行核查。待大廳材料審核通過，秘書處樣品核實無誤後，再作出正式受理決定。
3.肥料審查委員會測試。正式驗收後，肥料評審委員會秘書處將組織專家對肥料的安全性和有效性進行全面檢測。這個時間段可能更長，九個月內可以出結論報告。
4.批準程序。肥料評估委員會將做出評估報告，當發現生產的肥料安全有效並符合國家規定的標準時，將出具報告。農業部根據報告內容和前期審查的材料，提出審批意見，報農業部審批。符合要求的，批準肥料登記證。
法律依據:《肥料登記管理辦法》第六條分為臨時登記和正式登記兩個階段:
(1)臨時登記:生產者應當在田間試驗後，對需要在田間試驗和銷售的肥料產品申請臨時登記。
(2)正式註冊:生產者應當對經過田間示範試驗和試銷後可以作為正式商品的肥料產品申請正式註冊。