1、操作
linux區分大小寫，windows在dos界面命令下不區分大小寫；
linux所有內容均以文件形式保存包括硬件，用戶，而windows文件和硬件沒什麽關系，兩個之間沒有關聯；
windows用擴展名區分文件如.exe代表執行文件，.txt代表文本文件，而linux無擴展名的概念，當然為了管理員區分方便會有部分擴展名如.gz ， .bz2 ，.tar.bz2代表壓縮包。
.html ，,php代表網頁文件，這些純粹是給管理員看的便於區分，但是linux本身是沒有擴展名的，linux是以權限區分文件的，文件權限總***有十位。
windows下的.exe文件不能直接在linux下安裝與運行，同時linux大部分是字符界面，大大增加了linux系統的安全性，減少了木馬攻擊的可能性，同時linux字符界面占用的系統資源要小於windows下的圖形界面所占的資源。
2、系統概念
UNIX操作系統：
是壹個強大的多用戶、多任務操作系統，支持多種處理器架構。
整個UNIX系統可分為五層：
最底層是裸機，即硬件部分；
第二層是UNIX的核心，它直接建立在裸機的上面，實現了操作系統重要的功能，如進程管理、存儲管理、設備管理、文件管理、網絡管理等。
用戶不能直接執行UNIX內核中的程序，而只能通過壹種稱為”系統調用”的指令，以規定的方法訪問核心，以獲得系統服務；
第三層系統調用構成了第四層應用程序層和第二層核心層之間的接口界面；
應用層主要是UNIX系統的核外支持程序，如文本編輯處理程序、編譯程序、系統命令程序、通信軟件包和窗口圖形軟件包、各種庫函數及用戶自編程序；
UNIX系統的最外層是Shell解釋程序，它作為用戶與操作系統交互的接口，分析用戶鍵入的命令和解釋並執行命令，Shell中的壹些內部命令可不經過應用層，直接通過系統調用訪問核心層。
Linux操作系統：
是基於UNIX操作系統發展而來的壹種克隆系統，是壹套免費使用和自由傳播的類Unix操作系統。它能運行主要的UNIX工具軟件、應用程序和網絡協議。
Linux繼承了Unix以網絡為核心的設計思想，是壹個性能穩定的多用戶網絡操作系統。其目的是建立不受任何商品化軟件的版權制約的、全世界都能自由使用的Unix兼容產品。
Windows操作系統：
Windows1.0是微軟第壹次對個人電腦操作平臺進行用戶圖形界面的嘗試。Windows 1.0基於MS-DOS操作系統，實際上其本身並非操作系統，至多只是基於DOS的應用軟件。
之後的 Windows 2.x，3.x 和 95，98，ME仍是基於DOS的操作系統。 而Windows NT則宣告了DOS操作系統的終結，並成為流行至今的主流操作系統。
3、發展背景
Linux與其他操作系統的區別是，Linux是從壹個比較成熟的操作系統發展而來的，而其他操作系統，如Windows NT等，都是自成體系，無對應的相依托的操作系統。這壹區別使得Linux的用戶能大大地從Unix團體貢獻中獲利。
因為Unix是世界上使用最普遍、發展最成熟的操作系統之壹，它是七十年代中期發展起來的微機和巨型機的多任務系統，雖然有時接口比較混亂，並缺少相對集中的標準，但還是發展壯大成為了最廣泛使用的操作系統之壹。
無論是Unix的作者還是Unix的用戶，都認為只有Unix才是壹個真正的操作系統，許多計算機系統（從個人計算機到超級計算機）都存在Unix版本，Unix的用戶可以從很多方面得到支持和幫助。
因此，Linux做為Unix的壹個克隆，同樣會得到相應的支持和幫助，直接擁有Unix在用戶中建立的牢固的地位。?
4、使用費用
從使用費用上看，Linux與其他操作系統的區別在於Linux是壹種開放、免費的操作系統，而其他操作系統都是封閉的系統，需要有償使用。
這壹區別使得我們能夠不用花錢就能得到很多Linux的版本以及為其開發的應用軟件。當我們訪問Internet時，會發現幾乎所有可用的自由軟件都能夠運行在Linux系統上。
有來自很多軟件商的多種Unix實現，Unix的開發、發展商以開放系統的方式推動其標準化，但卻沒有壹個公司來控制這種設計。
因此，任何壹個軟件商（或開拓者）都能在某種Unix實現中實現這些標準。
OS/2和Windows?NT等操作系統是具有版權的產品，其接口和設計均由某壹公司控制，而且只有這些公司才有權實現其設計，它們是在封閉的環境下發展的。