1、網上申請。在“高新技術企業認定管理工作網”註冊登記，向認定機構提出認定申請；
2、網上申請通過以後，企業要向地方科技局提交相關申請的書面材料；
3、認定機構收到企業申請材料後，組織不少於五名專家進行評審；
4、對申請企業申報材料進行綜合審查，確定認定高新技術企業名單；
5、經認定報備的企業名單，經過公示10個工作日。無異議的，予以備案，認定時間以公示時間為準，核發證書編號；
6、由認定機構向企業頒發統壹印制的高新技術企業證書。
（壹）企業申請
企業對照本辦法進行自我評價。認為符合認定條件的在“高新技術企業認定管理工作網”註冊登記，向認定機構提出認定申請。申請時提交下列材料：
1. 高新技術企業認定申請書；
2. 證明企業依法成立的相關註冊登記證件；
3. 知識產權相關材料、科研項目立項證明、科技成果轉化、研究開發的組織管理等相關材料；
4. 企業高新技術產品（服務）的關鍵技術和技術指標、生產批文、認證認可和相關資質證書、產品質量檢驗報告等相關材料；
5. 企業職工和科技人員情況說明材料；
6. 經具有資質的中介機構出具的企業近三個會計年度研究開發費用和近壹個會計年度高新技術產品（服務）收入專項審計或鑒證報告，並附研究開發活動說明材料；
7. 經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務會計報告（包括會計報表、會計報表附註和財務情況說明書）；
8. 近三個會計年度企業所得稅年度納稅申報表。
（二）專家評審
認定機構應在符合評審要求的專家中，隨機抽取組成專家組。專家組對企業申報材料進行評審，提出評審意見。
（三）審查認定
認定機構結合專家組評審意見，對申請企業進行綜合審查，提出認定意見並報領導小組辦公室。認定企業由領導小組辦公室在“高新技術企業認定管理工作網”公示10個工作日，無異議的，予以備案，並在“高新技術企業認定管理工作網”公告，由認定機構向企業頒發統壹印制的“高新技術企業證書”；有異議的，由認定機構進行核實處理。
（四）企業年報
企業獲得高新技術企業資格後，應每年5月底前在“高新技術企業認定管理工作網”填報上壹年度知識產權、科技人員、研發費用、經營收入等年度發展情況報表。
法律依據
《科技部、財政部、國家稅務總局關於修訂印發《高新技術企業認定管理辦法》的通知》
第十二條 高新技術企業認定程序如下：
（壹）企業申請
企業對照本辦法進行自我評價。認為符合認定條件的在“高新技術企業認定管理工作網”註冊登記，向認定機構提出認定申請。申請時提交下列材料：
1. 高新技術企業認定申請書；
2. 證明企業依法成立的相關註冊登記證件；
3. 知識產權相關材料、科研項目立項證明、科技成果轉化、研究開發的組織管理等相關材料；
4. 企業高新技術產品（服務）的關鍵技術和技術指標、生產批文、認證認可和相關資質證書、產品質量檢驗報告等相關材料；
5. 企業職工和科技人員情況說明材料；
6. 經具有資質的中介機構出具的企業近三個會計年度研究開發費用和近壹個會計年度高新技術產品（服務）收入專項審計或鑒證報告，並附研究開發活動說明材料；
7. 經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務會計報告（包括會計報表、會計報表附註和財務情況說明書）；
8. 近三個會計年度企業所得稅年度納稅申報表。
（二）專家評審
認定機構應在符合評審要求的專家中，隨機抽取組成專家組。專家組對企業申報材料進行評審，提出評審意見。
（三）審查認定
認定機構結合專家組評審意見，對申請企業進行綜合審查，提出認定意見並報領導小組辦公室。認定企業由領導小組辦公室在“高新技術企業認定管理工作網”公示10個工作日，無異議的，予以備案，並在“高新技術企業認定管理工作網”公告，由認定機構向企業頒發統壹印制的“高新技術企業證書”；有異議的，由認定機構進行核實處理。
第十三條 企業獲得高新技術企業資格後，應每年5月底前在“高新技術企業認定管理工作網”填報上壹年度知識產權、科技人員、研發費用、經營收入等年度發展情況報表。