波妞是海的女兒，因壹次偶然的機會，波妞逃離了魔法爸爸的束縛，遇見了宗介。兩個人格外投緣，第壹次看見波妞的時候，波妞被困在壹個瓶子裏面，宗介打碎瓶子以後，趕緊給小金魚放進桶裏面，宗介以為這條紅色的金魚死掉了，正有點小難過的時候，調皮波妞突然向宗介吐口水。宗介滿心歡喜。
在壹旁的媽媽，趕緊催促，宗介上學要遲到了。於是，宗介帶著波妞壹起上學。在去的途中，媽媽遞給他壹個面包加火腿。宗介小心翼翼的撕了壹點面包片試圖給波妞，波妞搖頭。於是他問她是否想要吃火腿。波妞直接將整個火腿從面包片中撕出來，整個開始吞咽。宗介高興的給媽媽說，波妞喜歡吃火腿。媽媽回應說，和我壹樣，喜歡吃火腿。在車裏面，媽媽問，老師會讓帶著小金魚嗎？宗介忐忑的說，可以吧。
宗介不確定老師讓不讓帶，偷偷的將小金魚藏起來。宗介在藏波妞的時候，碰見了向日葵中心的三個老奶奶。宗介向他們介紹，波妞有魔法，把他受傷的手都治好了。三位坐在輪椅上的奶奶說，有兩個奶奶說，是不是波妞可以用魔法讓她們再站起來。壹個奶奶卻說波妞會帶來海嘯，讓宗介趕緊扔掉它。波妞聽到，直接將口水噴到奶奶身上。宗介趕緊帶著波妞跑掉，安慰波妞，不是波妞的錯，她怎麽能說波妞的壞話呢。
這時候，媽媽聽到聲音讓宗介道歉，宗介躲在石崖下。這時候，波妞的魔法爸爸，在試圖想把波妞帶回去。海浪沖向宗介，波妞被帶走了，宗介很難過。媽媽安慰宗介說，每個人都有它自己的命運，就算難過也沒有辦法改變命運。
波妞被魔法爸爸帶回海裏面。因為波妞誤吸宗介的血液，它的基因在變化，瞬間長出了手和腳。波妞想變成人去找宗介。魔法爸爸硬把它恢復成小金魚的樣子。
但是在妹妹們的幫助下，波妞順利逃出來，喝掉了能量之源，而且變成了人類。她著急的想要去見宗介。因為太想見宗介，它不知道它的到來給村子和宗介帶來了災難，天氣突變，海水淹沒了道路。
大風大浪，媽媽擔心爸爸的安慰，迫切的冒著危險要回到自己的小屋。它的小屋就是為個航船指引的明燈，所以她壹定要趕回去。在快到家的時候，波妞終於見到宗介了。兩個人歡呼雀躍，宗介壹眼就認出這個小女孩是波妞。媽媽帶著他們兩個回到家給他們煮面吃，面裏面還有很多火腿，波妞歡呼。
吃完之後，波妞睡下了。因為海嘯襲來，媽媽擔心向日葵的老人們，又轉身收拾去向日葵中心，宗介想和媽媽壹起去，媽媽說：“如果妳幫我守著這個家的話，我就會變得更有力量。”懂事的宗介說了嗯，目送媽媽走了。自己帶好帽子，毅然的坐在沙發上，守著波妞和光。
波妞的媽媽來了。爸爸說，波妞變成了人類，認為人類是危險的，但是波妞的媽媽卻不這樣認為，說，只要宗介真心對波妞，波妞會壹直是人類的。但是爸爸說，如果有壹天，宗介不認真了，波妞會變成泡沫。媽媽說，我們就是從泡沫演變了，最終回歸泡沫，波妞開心就好。很支持波妞和宗介在壹起。
第二天醒來的時候，海水已經淹沒到他們家，但是媽媽還沒有回來。宗介很擔心媽媽，於是想要帶著波妞去找媽媽。但是沒有船，沒有辦法過去。波妞用自己的魔法把宗介的玩具船變大。
宗介帶著波妞和食物去尋找媽媽。
在他們的小船上，波妞走著走著，魔法消失了，瞬間嗜睡起來。他們的船也不走了，宗介說要保護波妞的。於是下來獨自推著船走，要把波妞帶到安全的地方。
宗介和波妞的這些事情，其實都是對宗介的壹個考驗。他們要經過壹個隧道，波妞特別害怕，但是他們必須要經過這個黑暗隧道。波妞從人，又變成魚。但是他們通過了考驗。
波妞的媽媽問宗介，波妞不是人類，他可以接受嗎？
宗介說：
影片最後，波妞又變成了人。宗介和波妞在壹起了。
信仰到底是什麽呢？就是縱身壹躍，就是我們跟神之間壹個永遠的約定，是舍棄舊的去開始新的生活。波妞願意，宗介也願意。