玩家控制的是康納的父親，先開始奪取了壹個護符，然後組織命他前往新大陸尋找古人遺跡，經歷船只遇襲事件後，終於來到殖民地組織起了壹個組織章節的最後我們得知這個組織居然是聖殿騎士原來他的父親是個刺客中的叛徒。
1、玩家控制長大的康納，歷經年幼喪母的重要劇情後，在先行者通訊器的協助下與古人聯系，受到指引後找到了刺客組織，之後逐漸淪入愛國者起義的洪流，期間與其父為了各自的目的壹同鏟除聖殿騎士的，也與華盛頓等人壹起為革命立下汗馬功勞，但是因為白人對印第安人的種種暴行最後分道揚鑣。
2、華盛頓決定放過最後的魔頭查爾斯李，但是苦大仇深的康納為了新仇舊恨最後還是決定孤身壹人去追殺他，在愛國者的艦隊的協助下終於潛入查爾斯的城堡卻發現查爾斯被他父親放走了，其父堅信此人是美國的救星，怒火中燒的康納最後偷襲險勝父親，之後在壹個騎士團黨羽的聚會中再次尋獲查爾斯，但是還是失之交臂。
3、最後在查爾斯準備逃回英國之前終於抓到了他，壹番追逐後重傷的二人在壹所酒館中對飲壹杯，然後康納手起刀落結束了自己的復仇並奪取了護身符，接著康納再次回到部族營地，族人已經離開遷往更深處的內陸，但是卻留下了聯絡裝置。
4、先行者告訴康納藏好護身符，終有壹天會有人來取回此物，至此回憶結束。
5、最終主角打開了遺跡大門，卻發現等待他的只有更多坑爹陰謀，原來這裏不僅是拯救世界的關鍵，還封印的是已經數字化的壹位先行者的意識，啟動裝置可以拯救世界但是同時會釋放她，這個先行者會再次奴役世界，而不釋放她，世界會被毀滅，而幸存的呆死萌會成為新的耶穌，被人們永遠銘記成為永恒的傳說，戴斯蒙決定先拯救世界，因為他堅信終會有人站出來消滅這個魔頭。