增值稅專用發票是我國為實施新的增值稅制度而使用的壹種新型發票。與日常業務中使用的普通發票相比，它有以下區別:
1.發票的印制要求不同:根據新征管法第二十二條規定:“增值稅專用發票由國務院稅務主管部門指定的企業印制；其他發票由省、自治區、直轄市國家稅務局、地方稅務局按照國務院主管部門的規定指定的企業印制。未經前款規定的稅務機關指定，不得印制發票。
2.發票使用主體不同:增值稅專用發票只能由增值稅壹般納稅人購買和使用，小規模納稅人需經稅務機關批準後方可使用。普通發票可供各類從事經營活動並辦理稅務登記的納稅人購用。未辦理稅務登記的納稅人也可以向稅務機關申請領購和使用普通發票。
3.發票內容不同:增值稅專用發票包括納稅人的稅務登記號、不含增值稅的金額、適用稅率、應納增值稅等。，除了采購單位、銷售單位、貨物或服務的名稱、數量和計量單位、單價和價格、開票單位、收款人和開票日期等普通發票的內容外。
4.發票有不同聯:“增值稅專用發票有四聯和七聯。第壹聯為存根聯(備查)，第二聯為發票聯(買方記賬用)，第三聯為抵扣聯(買方扣稅憑證用)，第四聯為記賬聯(賣方記賬用)，其余三聯共七聯為備份聯，分別作為企業出境卡、檢查、倉庫使用。普通發票只有壹式三聯，第壹聯存根，第二聯發票，第三聯記賬。
5.發票的作用不同:增值稅專用發票既是買賣雙方收付的憑證，也是買方抵扣增值稅的憑證；除運費、農副產品、廢舊物資按法定稅率抵扣外，不得抵扣普通發票。