《當火車鳴笛三秒》真實事件是拐賣兒童，原型人物是張秀芳。遊戲前半的敘事都是碎片式的，而到了最後幾章才拼湊出完整的故事，讓玩家知道主角在廢墟大樓裏經歷的心理恐怖都是各種陰影造成的，男主楊樹的父母親生的小孩被拐賣，母親瘋癲之後抱回楊樹卻發現楊樹身患疾病需要手術根治。
《當火車鳴笛三秒》的遊戲故事概括
主人公楊樹說，這把刀插在身上太久太久了1988年的那天，我就開始在受這把刀的罪，壹瞬間王壹顧的故事碎片清晰地拼出了完整的故事，代指又或者意指，此時此刻的刀，和1988年的那壹把刀，跨時空連接了，之前根據零碎信息的猜想全部變成殘酷的現實，那種不忍又真實的傷痛撲面而來。
如果壹切順利，《當火車鳴笛三秒》中的四個孩子，就會過上截然不同的人生，可現實總是過於殘酷，不斷堆積的誤解和錯過，讓《當火車鳴笛三秒》註定會給玩家留下不同程度且的非常深刻的印象。