我國藥品生產和流通企業長期以來采用的是計劃經濟模式。改革開放以來，雖然取得了巨大的成就，但仍然存在壹些障礙。比如，醫藥市場秩序不規範，醫藥市場呈多元化狀態，形成國內醫藥市場主體；醫療機構、城鎮職工醫療制度、藥品價格和藥品流通體制改革剛剛起步，相應的政策法規尚未配套。這確實給醫藥電商的應用造成了障礙。
2.2藥品物流配送緩慢
目前我國物流配送落後，物流管控水平跟不上電商的步伐，這是關於醫藥電商討論最多的問題。EMS快遞在銷量小的時候成本太高，很多相關部門都不感興趣。而其他模式的實施環境，就國內現有的技術和條件而言，還遠遠落後，操作難度較大。
2.3電子商務實施條件差
電子商務要求用戶擁有多功能信息設備，能夠快速可靠地接入互聯網，但我國網絡基礎設施落後，遠遠不能滿足電子商務發展的要求。從行業內部來看，由於我國醫藥行業信息化建設時間較短，雖然同仁堂、廣藥等壹些大型醫藥企業已經實現了ERP(企業資源管理)，但大多數企業的信息化水平仍然很低，嚴重制約了醫藥電子商務的發展。企業和消費者的電子商務意識薄弱，嚴重制約了電子商務的發展。以天津為例，已有近4000家國企接入互聯網。然而，在動員第壹批132家名牌企業上線時，只有40家企業響應。因此，網絡運營商在發展醫藥電商時，必須考慮如何讓用戶成為真正的贏家，只有這樣，醫藥電商才能生存下去。
2.4電子貨幣支付困難
互聯網的技術進步正在創造壹種全新的商業模式，消費者和企業可以在世界各地的家中和辦公室輕松購買產品和服務。當用戶選擇想要購買的產品或服務時，他們需要壹種可以接受的支付方式。在中國，信用卡支付並不普及，銀行的網上支付系統也不完善，消費者很難使用信用卡作為網購的支付手段。