1、基本區別：公章是單位或企業的法定印章，代表單位或企業的意誌，廣泛應用於各類公文、信函、介紹信、證明文件等的發放和簽發過程中。而合同專用章主要用於在合同文件上進行蓋章，以表示該合同已經經過了相關部門或人員的審核和批準。
2、樣式區別：公章刻制有單位、企業全稱，有13位防偽編碼；合同專用章和財務章壹樣，都有“專用章”字樣，表示只能用於特定文件。
3、應用範圍：公章的應用範圍較大，包括但不限於公文的發放，信函，介紹信，證明文件等，而合同專用章的使用範圍相對較小，主要應用於合同文件的蓋章過程。
4、法律效力：公章在所有印章中具有最高的效力，如果雙方沒有特別約定，公章壹般可以代替合同專用章使用。如果雙方有明確的約定必須加蓋“合同專用章”或“公章”即可生效，則按照雙方約定為準。