南京工業大學比較好，因為南京工業大學已經入選高等學校創新能力提升計劃。
壹、師資力量：
1、南京工程學院：有教職員工1800多人，其中專任教師1300多人，具有高級職務的教師占比48.9%。學校在職教師中有享受國務院政府特殊津貼專家5人。
2、南京工業大學：學校有教職工3000余人，期中擁有高級職稱人員1370余人，其中中國科學院院士3人、中國工程院院士5人、外籍院士3名。
二、教學建設：
1、南京工程學院：學校有80個本科專業及方向（含2個中外合作辦學專業），其中，90%以上專業具有鮮明行業性，80%以上專業與“中國制造2025”的七大領域、江蘇省十大戰略性新興產業高度吻合。
2、南京工業大學：學校有國家級壹流本科專業建設點12個、國家級特色專業建設點12個、教育部專業綜合改革試點專業2個、教育部卓越工程師教育培養計劃試點專業7個。
三、科研成果：
1、南京工程學院：學校***承擔包括省自然科學基金項目在內的各級各類科研課題495項，科研經費到款1.63億元。
2、南京工業大學：學校科研項目總經費超10億元，同比增長27%，以學校為第壹單位發表SCI論文1419篇，其中Nature子刊11篇。國家自然科學基金立項110項。
百度百科—南京工程學院
百度百科—南京工業大學