第1集：神州號啟動
第2集：亞空間截擊戰
為徹底擺脫伊克斯星艦隊的追擊，神州號必須進行宇宙空間跳躍，卻遭到了敵方人工智能戰機的追蹤襲擊。天龍臨危受命，阻擊伊克斯星戰機，掩護神州號通過亞空間隧道。
第3集：天才飛行員
第4集：整備長的特訓
在訓練中，天龍逐步了解了羿式戰鬥機的武器裝備和駕駛方法，還結識了人工智能AI機器人——天蓬，和武器設計專家小翩。誰料，粗心大意的小翩在試驗新武器中讓天龍吃了不少苦頭……
第5集：奇異的接觸
第6集：偵察任務
第7集：星際回廊護航任務
伊克斯星人派出了壹艘超巨型母艦對神州號進行襲擊。在作戰過程中，紫晶由於上次的失誤，壹直耿耿於懷，深感內疚。在這次的戰鬥中，又出現了星雲倒流現象，紫晶能戰勝恐懼嗎？
第8集：戰勝恐懼
在難得的假期中，天龍帶領隊員們探望受傷的木和隊長。天龍從木和隊長那裏了解了紫晶的恐懼因何而起，於是開解紫晶。又有敵人來襲，紫晶能否擺脫心理陰影放下包袱呢？
第9集：飛翼的加入
天箭隊驕人的戰績，吸引了皇牌隊長飛翼的加入，飛翼欲與天龍比高低。神州號在經過灰洞行星帶時，收到了生命的求救信號，天箭隊出動！沒想到這竟是伊克斯星將領龐貝爾設下的圈套，神州號變得進退兩難。
第10集：龐貝爾的追擊
在天箭隊的全力奮戰之下，雖然神州號得以安全地撤離，但是大家又遭遇了龐貝爾的追擊，並進入他設置了浮遊炸彈的太空垃圾站，飛翼因為有潔癖而完全失去戰鬥力，眾人腹背受敵。
第11集：狼邪星保衛戰
神州號到達戰略中轉站——桃源星，準備聯系其他太空艦隊，集結力量與伊克斯星人抗衡。為此，艦長安排在附近的狼邪星秘密建造信號站，探測其他艦隊的所在目標，誰料卻被龐貝爾的超微型間諜機發現。
第12集：海鷹的委屈
建造信號戰刻不容緩，伊克斯星將領奧特實力強大，艦長作出撤退狼邪星的假象迷惑對方。
第13集：誰是窈窕紳士
第14集：惡戰流星群
神州號途徑被伊克斯星人霸占的蘇亞星，壹場激烈的惡戰不可避免。艦長試圖利用百年壹遇的流星群進攻蘇亞星，可是天箭隊隊員卓智擅自行動，魯莽出擊，不僅打亂了原定計劃，還吸引了費茲戰艦的強大援軍。
第15集：解放蘇亞星
天箭隊消滅了費茲的殘余部隊，登陸蘇亞星。
第16集：神秘飛行隊
在蘇亞星上，神州號受到壹支神秘飛行隊的信號，以為是太空防衛聯盟軍的飛行隊。天箭隊奉命偵查，沒想到突然其來的是伊克斯星女將領伊紗斯，還率領著她極具破壞力的飛行隊。
第17集：失憶戰士之謎
未完成改造品“莫蓮”被艦長要求加入天劍隊，在實戰訓練中因為改造後遺癥發作而暴走，被天龍等人全力阻止。
第18集：破壞神病毒
伊克斯星女將領伊莎斯利用“破壞神病毒”控制了神州號的無人AI戰鬥機，令神州號與天箭隊陷入困境。
EX將領伊沙斯通過捕獲無人機入侵了神州號無人機的控制系統，從而利用來攻擊神州號，但在整備長和小翩的努力下成功解決。
第19集：秘密潛入者
安普召集伊克斯星將領策劃綁架艦長的陰謀，派伊紗斯戰艦偷襲神州號，引誘天箭飛行隊出擊，趁機讓伊克斯星將領切頓，帶領兩名被改造的人類戰士秘密潛入神州號。
第20集：拯救人質的英雄
狡猾的切頓，挾持著富商作為人質，堵在隕石道口前，讓裝有人質的飛船飛回伊克斯星。此時，伊紗斯又合力圍堵，天龍等人陷入險境。
第21集：倒戈相向
莫蓮誤認沙文是伊克斯性人的奸細，對沙文百般刁難。切頓用秘密儀器催眠莫蓮使她失控攻擊天龍等人，危急之際沙文幫莫蓮擺脫了切頓的控制。
第22集：活在當下
第23集：皇牌大比拼
第24集：會師伏羲號
第25集：兵臨城下
集結在外太空的伊克斯星聯合艦隊發出最後通牒廣播，逼降聯盟軍未果，兩軍對壘。天龍和隊員們英勇善戰，利用軌道炮的威力，擊退伊克斯星的先頭部隊，奧特和伊莎斯大敗逃離。切頓使出最後的殺手鐧，用被改造戰士駕駛神秘戰隊失控般兇猛攻擊，太空防衛聯盟軍陷入了被動的困局。
第26集：絕處逢生
正當天龍與切頓鬥得難分難解之時，突然古老的經典音樂在太空回蕩，感染了被改造戰士，喚起失去的記憶，攻擊暫停了。整備長和其女兒小翩新研制的電磁裝置通過軌道炮發射爆炸後，電磁能擴散、幹擾，使大批戰士的戰機短暫失控，天龍和隊友們乘勝追擊，橫掃殘余敵機。