南京航空航天大學是壹所以航空、航天、國防科技為主幹，以工為主，工、理、管、文合成發展的綜合性大學。其擁有眾多特色專業，以下列舉幾個：
1. 航空航天工程：該專業是南航的特色優勢專業，屬於壹流本科專業，在教學、科研和人才培養中具有較高的聲譽。
2. 電子信息工程：該專業強調電子、通信和計算機技術的交叉應用，旨在培養高素質的電子信息人才。
3. 自動化：該專業著重培養自動化領域的專門人才，包括工業自動化控制、智能儀器及系統設計等方向。
南京航空航天大學的專業排名壹直保持在國內同類高校中的前列。以2021年QS世界大學排名為例，其中機械、航空、制造與工程等相關學科均位列世界前150位。同時，在全國“雙壹流”建設中，南航的航空航天工程、交通工程、材料科學與工程、控制科學與工程等專業被納入計劃。