1、定義不同
內能：內能（internal energy） 是組成物體分子的無規則熱運動動能和分子間相互作用勢能的總和。
機械能：在不計摩擦和介質阻力的情況下物體只發生動能和勢能的相互轉化且機械能的總量保持不變，也就是動能的增加或減少等於勢能的減少或增加，即機械能守恒定律。
動能：物體由於運動而具有的能量，稱為物體的動能。它的大小定義為物體質量與速度平方乘積的二分之壹。
2、公式不同
內能：
i是自由度，單原子分子是 3，雙原子分子是5；三原子及多原子分子6；n氣體的物質的量；R是理想氣體常數 ?R=8.31J/K。
機械能：
E=m0C^2/√(1-V^2/C^2)-m0C^2
m0是靜止質量
動能：
m0是靜止質量
3、形式不同
內能：能以多種形式存在於自然界，每壹種形式的能對應於壹種運動形式。
各種形式的能是可以相互轉化的。
能的守恒定律
能量既不能創生，也不能消失，它只是從壹種形式的能轉化為另壹種形式，或者從壹個物體轉移到另壹個物體。
在轉化或轉移的過程中，其總量保持不變。這就是能量轉化與守恒定律，即熱力學第壹定律。
機械能：機械能並不是單純的壹種能量，而是三種不同形式的能量之和。機械能包括這三種能量：動能、彈性勢能、重力勢能。
動能：是伴隨著物質運動的能量；如,a.原子和物體的振動產生聲能；b.物體作機械運動而產生的動能；c.電子運動產生電能；d.原子和分子的熱運動產生的熱能等。
參考資料：
百度百科-動能參考資料：
百度百科-機械能參考資料：
百度百科-內能