根據上述職責，市住房和城鄉規劃建設局設12個內設機構：
（壹）辦公室。
組織協調機關政務工作；負責機關起草綜合性會議報告、總結；負責會議組織、文電處理、秘書事務、檔案管理、保衛、保密、綜治信訪維穩、網絡問政、宣傳、調研、督查、財務、人大議案與政協提案辦理和機關公務車輛、辦公場所管理等工作；負責編制本單位的經費收支計劃、財務報表和按權限審批經費開支；指導直屬單位的財會和審計工作；指導建設行業的統計、信息工作；負責局機關及直屬事業單位國有資產管理；抓好崗位責任制的落實，收集綜合各科室人員的考勤情況；負責組織研究規劃建設行業改革發展規劃。
（二）人事科（與黨委辦公室、離退休人員服務科合署）。
負責黨組（機關黨委）的日常工作；負責局機關和指導直屬事業單位的黨建、紀檢、監察、黨風廉政建設、人民武裝等工作；組織指導黨員培訓和理論學習、職業道德教育與精神文明建設工作；負責局管幹部考核、任免、調配和統籌協調人才培訓規劃；負責局機關公務員年度考核、勞動工資、機構編制和直屬單位人事、勞資和專業技術職務申報、審批工作；負責局幹部職工的繼續教育和崗位培訓；負責制訂工作人員年度休假計劃；負責行政審批電子監察、行政投訴電子監察實施監督工作；負責工會、***青團、婦女和計劃生育等工作；負責離退休人員服務工作。
（三）法規監察科。
負責政務信息公開的收集與上報；組織制訂有關住房和城鄉規劃建設方面的地方規範性文件及解釋、清理、匯編工作；負責市住房和城鄉規劃建設行政執法監督、行政復議和行政訴訟工作；負責住房和城鄉規劃建設法規宣傳工作；負責行政執法考察、上崗發證報審工作；協助對住房和城鄉規劃建設管理人員的法律、法規知識培訓工作；協調處理城鄉規劃建設行政執法相關工作。
（四）住房與房地產科。
負責擬訂住房保障地方規範性文件、編制住房保障發展規劃和年度計劃並監督執行；負責組織編制經濟適用房、廉租房的建設計劃，擬訂市區經濟適用房、廉租房建設方案；負責市區居民及住房困難群體的調查工作；指導城鎮住房制度改革和住房發展工作；指導房地產開發利用工作，規範房地產市場，促進房地產業的健康有序發展；負責核發或呈報《房地產開發企業資質證書》。
（五）城市規劃科。
負責和指導擬訂城市發展戰略、長遠規劃和年度計劃；組織編制、審查和呈報市域城鎮體系規劃、城市總體規劃、分區規劃、專項規劃、市區近期建設規劃、控制性詳細規劃和城市設計；負責市區控制性詳細規劃成果的上報備案管理工作；負責大中型建設項目修建性規劃審查批準工作；負責城市規劃設計單位資質和城市測繪管理；參與市區重點建設項目選址和布局的規劃管理工作；負責珠三角城鄉規劃壹體化及深莞惠規劃對接工作；負責各類規劃成果和相關資料的移交歸檔。
（六）規劃用地科。
負責市區的建設項目選址的規劃管理，核發《建設項目選址意見書》；負責建設用地規劃審查、報批，核發《建設用地規劃許可證》；負責組織編制《建設用地規劃設計條件告知書》；負責建設用地許可後的跟蹤管理和用地資料的歸檔工作；參與各類城市規劃的審查工作。
（七）市政規劃科。
負責組織編制市政交通工程及市政管線工程《規劃設計條件告知書》和規劃設計方案的審查，核發市政交通工程及市政管線工程《建設工程規劃許可證》；負責建設項目管線綜合規劃的審查；負責市政交通工程及市政管線工程的規劃驗收，核發《建設工程規劃驗收合格證》；負責市政交通工程及市政管線工程的規劃協調；負責組織地下管線及道路的竣工測量工作；負責規劃許可後的跟蹤管理和竣工資料的歸檔、錄入辦公系統工作；參與各類城市規劃的審查工作。
（八）城市建設科。
負責制訂城市建設和市政公用事業發展戰略和發展規劃；指導市政設施、公用事業、城市市容、園林綠化、城市燃氣、環境衛生的行業管理；負責編制城建資金和城建項目年度計劃；指導風景名勝區的規劃建設管理工作；負責統計填報城市建設有關報表；負責組織戶外廣告設施設置場地的使用權招標；指導全市範圍內的市政公用行業實施特許經營制度及市政設施、園林綠化、環境衛生等非經營性設施日常養護作業的市場化工作；核發和呈報《城市園林綠化企業資質證書》；負責全市燃氣行業管理並組織編制燃氣事業發展的中、長期規劃；負責燃氣工程設計、施工和安裝隊伍的資格審查和管理；負責瓶裝燃氣供應站的審查並核發《燃氣經營許可證》；協助燃氣從業人員的技術培訓工作。
（九）村鎮規劃建設科。
指導城鎮規劃及村莊建設規劃的編制、實施工作；指導村莊建設和農村住房建設；指導鄉鎮和村莊人居生態環境的改善工作；組織制訂鄉鎮、村莊規劃編制計劃；負責制訂村莊規劃技術標準；負責審查、呈批縣域城鎮體系規劃、縣城和中心鎮的總體規劃；負責縣城控制性詳細規劃的備案管理工作；負責組織、指導鄉鎮、村莊規劃建設方面的培訓和宣傳工作；負責縣、鄉鎮、村莊規劃建設有關報表的統計填報工作；會同文物行政部門，負責歷史文化名鎮（村）保護的監督管理工作。
（十）建築市場管理科（市建設工程招標投標辦公室、市建設工程管理辦公室）。
負責建築業企業、監理單位資質管理和核準工作；負責市轄房屋建築工程施工許可及工程竣工驗收備案管理工作，核發《建築工程施工許可證》；辦理房屋建築工程竣工驗收備案手續；負責建築市場管理、工程招標投標、工程質量、安全生產、施工現場管理工作；參與工程重大質量、安全事故的調查處理；擬訂建築施工、監理和相關社會中介組織管理的規定並監督實施；審核相關建設工程的造價和工程標底備案工作；負責建築業企業生產統計報表匯總工作；協助施工專業人員的培訓教育、管理工作。
（十壹）科技教育科。
負責勘察設計咨詢單位資質管理工作；負責建築工程項目勘察設計質量的檢查監督和建築工程項目施工圖文件審查工作的管理；負責建築工程項目的初步設計審查；參與建築工程項目重大事故的調查與處理；組織大中型建築工程項目初步設計審查；指導發展散裝水泥、建築節能與墻體材料革新工作；負責城鄉規劃建設行業從業人員的繼續教育和崗位培訓；指導行業註冊執業資格管理工作；協助組織行業內專業技術資格評定工作；負責對外經濟技術交流合作。
（十二）工程項目管理科。
負責組織編制相關工程項目的實施計劃，制訂建設進度並組織實施；負責組織城建項目設計方案招標，組織城建項目設計方案審查；負責組織協調建築項目設計方案招標工作；協助相關部門實施重點項目建設工作。 直屬規劃分局
水口片辦事處
小金口片辦事處 市建設工程造價管理站
市建設工程質量監督站
市建設工程交易中心
規劃設計研究院
規劃勘測研究院
城建檔案館
城市地理信息中心
城市規劃編制研究中心
房地產業協會
勘察設計協會
市散裝水泥管理辦公室
城市生活汙水處理裝置推廣站
市施工安全監督總站