現行檢驗檢疫機構執行的收費依據是國家發改委和財政部於2003年12月31日下發，並於2004年4月1日正式實施的《出入境檢驗檢疫收費辦法》(發改價格[2003]2357號)。
主要收費規定
1、檢驗檢疫機構對出入境貨物的計費以“壹批”為壹個計算單位。“壹批”是指同壹品名在同壹時間，以同壹個運輸工具，來自或運往同壹地點，同壹收貨、發貨人的貨物。列車多車廂運輸，滿足以上條件的，按壹批計;單壹集裝箱多種品名貨物拼裝，滿足以上條件的，按壹批計。
2、同批貨物涉及多項檢驗檢疫業務的，應根據檢驗檢疫業務工作實際情況，以檢驗檢疫為壹項，數量、重量為壹項，包裝鑒定為壹項，實驗室檢驗為壹項，財產鑒定為壹項，安全監測為壹項，檢疫處理為壹項，分別計算，累計收費。
其中貨物檢驗檢疫費按品質檢驗、動植物臨床檢疫、植物現場檢疫、動植物產品檢疫、食品及食品加工設備衛生檢驗、衛生檢疫分別計算，累計收費。
3、進料加工的出境貨物品質檢驗費按收費標準的70%計收。
來料加工的入境貨物不做品質檢驗的，不收品質檢驗費;來料加工的出境貨物品質檢驗費，按收費標準的70%計收。
4、檢驗檢疫機構依據有關規定對出口貨物做型式試驗的，按本辦法及其收費標準收取型式試驗費。完成型式試驗的出口貨物品質檢驗費，按收費標準的70%計收。
5、對危險品、有毒有害貨物的品質檢驗、重量鑒定、包裝使用鑒定以及裝載上述貨物的運輸工具裝運條件的鑒定按本辦法及其收費標準加壹倍收費。
6、同批貨物檢驗檢疫費超過5000元的，超過部分按80%計收。
7、出入境貨物每批總值不足2000元的，免收品質檢驗費，只收證書(單)工本費;涉及其他檢驗檢疫業務的，按規定收取相應費用。