1988年，孔繁森第二次調藏工作，擔任拉薩市副市長，分管文教、衛生和民政工作，孔繁森到任僅四個月的時間，就跑遍了全市八個縣區所有的公辦學校和壹半以上的村辦小學，為發展少數民族的教育事業奔波操勞。孔繁森對於分管的衛生和民政工作也同樣的投入，為了結束尼木縣續邁等三個鄉群眾易患大骨節病的歷史，他多次爬到海拔將近5000米的山頂水源處采集水樣，幫助群眾解決飲水問題。
（2）1992年底，孔繁森第二次調藏工作期滿，西藏自治區黨委決定任命他為阿裏地委書記，這壹任命意味著孔繁森將繼續留在西藏工作，面對人生之路又壹次重大選擇，他毫不猶豫地服從了黨的決定，人民的需要。阿裏地處西藏自治區的西北部，平均海拔4500米，被稱為“世界屋脊的屋脊”。阿裏的面積相當於兩個山東省，而人口僅有六萬，地廣人稀，這裏長年氣溫零度以下，最低溫度達零下40多度，每年7至8級大風占140天以上，惡劣的自然環境，艱苦的生活條件使許多人都望而卻步。
（3）1992年，拉薩市黑竹、工卡等縣發生地震，任拉薩市副市長的孔繁森趕赴災區。在那裏，他收養了12歲、7歲和5歲的三個孤兒曲尼、曲印和貢桑。孔繁森將他們帶回拉薩，照管他們的生活，教他們讀書識字，夜裏孔繁森就同孩子們擠在壹張大床上睡覺。年幼的孩子常在夜裏尿床，他就不厭其煩地洗換床單。節假日只要有空，他說帶上他們逛公園，逛商店，給他們買衣物。孔繁森雖然是副市長，但他每次下鄉去，總要帶些自己的錢給生活困難的鄉親，往往壹月剛過半，工資就花光了，有時連夥食費也不夠交。他自己經常吃榨菜拌飯，卻不願讓孩子和他壹樣受罪，錢不夠怎麽辦？孔繁森就獻血換錢來給孩子添補營養。市長格桑頓珠見孔繁森負擔太重，領走了曲尼。然而，不幸的事情發生了，1994年11月29日，孔繁森在去新疆塔城考察邊貿途中，因車禍殉職，年僅50歲。
（4）1993年，孔繁森進藏工作期滿，但他繼續留在西藏，擔任了阿裏地委書記。為了摸清實際情況，他深入調查研究，求計問策，尋找帶領群眾脫貧致富的路子。不到兩年的時間，他跑遍了全地區106個鄉中的98個。阿裏是西藏最偏僻和平均海拔最高的地區，外出時常常壹天也看不到壹個人影。他們餓了就吃口風幹的牛羊肉，渴了就喝口山上流下來的雪水。旅途中雖然艱苦，孔繁森卻充滿樂觀，並風趣地對隨行人員說：“快嘗嘗，這是上等的礦泉水，高原沒有汙染，等我們開發出來了，讓外國人花美元來買！”