三本與二本的本質區別：錄取批次不同、收取的學費不同、辦學性質不同、畢業證不同、就業情況不同。
1、錄取批次不同：
壹本為第壹批次、二本為第二批次、三本為第三批次。
2、收取的學費不同：
二本相對稍少壹些，但壹些轉設二本學費也相對稍高壹些，三本院校學費相對也稍高壹些。
3、辦學性質不同：
二本大多數是“公辦範疇”的，但有極少數也屬於“民辦範疇”的；三本：主要是指“獨立學院本科院校”等，是“公辦民助範疇”的。
4、畢業證不同：
二本的畢業證上學校名稱和鋼印壹般叫“某某大學”或“某某學院”，比如“四川師範大學”、“四川音樂學院”，三本的畢業證上學校名稱和鋼印壹般叫“某某大學某某學院”，比如“四川師範大學成都學院”。
5、就業情況不同：
就業情況來說，二本比三本有優勢。
普通高等學校招生全國統壹考試招生錄取批次改革意義：
1、有利於促進普通高等學校公平發展：
逐漸減少直至取消錄取批次，消除因批次劃分可能帶來的政策歧視，促進普通高等學校平等競爭。普通高等學校不再靠人為劃分層次吸引生源，而是靠提高辦學質量得到社會和考生認可。
逐漸減少直至取消錄取批次，有利於學校公平競爭，特別是給民辦普通高等學校以公平的待遇。
2、有利於減輕高中升學排名的壓力：
雖然劃分普通高等學校錄取批次僅是錄取工作的操作方式，但長期以來考生、家長乃至社會都把考上各批次普通高等學校學生多少作為評價高中辦學質量的標準。
逐漸減少直至取消錄取批次，將無法按錄取到各批次人數多少對高中進行互相比較，減輕高中升學排名壓力，有利於促進高中全面貫徹教育方針，推進實施素質教育。