1、申請部門不同；根據有關規定，工傷認定應當向勞動保障行政部門提起申請；而勞動能力鑒定則是該向當地勞動保障、人事、衛生行政部門和工會組織、經辦機構代表以及用人單位代表所組成的勞動能力鑒定委員會提起申請；
2、審查程序不同；在發生工傷後，所在單位應當在事故傷害後30天內提出申請，勞動保障行政部門在認定工傷時會根據職工的工傷保險待遇申請、醫療工傷診斷書、企業工傷報告等資料，在自受理工傷認定申請之日起60日內作出工傷認定的決定；勞動能力鑒定行為則是在工傷認定決定作出以後，由勞動能力鑒定委員會請相關專家組成專家組，提出鑒定意見，勞動能力鑒定委員會根據專家組的鑒定意見作出工傷職工勞動能力鑒定結論；必要時也可委托具備資格的醫療機構協助進行有關的診斷；
3、法律效力不同；當事人對工傷認定結論在法定期限內不申請行政復議，不提起行政訴訟或申請復議、提起訴訟後被駁回的，工傷認定結論即生效，並對當事人具有約束力和證明力；而勞動能力鑒定結論是在被司法機關采信後才產生法律效力，否則對當事人無影響；
4、法律後果不同；工傷認定結論壹經作出，如果認定職工屬因工負傷，職工就可以享受報銷掛號費、住院費、醫療費、藥費等待遇，工傷醫療期還可領取工傷津貼；而勞動能力鑒定主要是對勞動功能障礙程度和生活自理障礙程度的等級鑒定，如果職工傷殘等級評定後，則應當停發工傷津貼，改為享受傷殘待遇，領取傷殘撫恤金或壹次性傷殘補助金；
5、救濟途徑不同；申請工傷認定的職工或單位對工傷認定結論不服，可以通過行政復議、行政訴訟途徑解決；而申請勞動能力鑒定的單位或者個人對勞動能力鑒定委員會作出的傷殘等級鑒定結論不服的，可以在收到該鑒定結論之日起15日內向省、自治區、直轄市勞動能力鑒定委員會提出再次鑒定的申請。
法律依據：《工傷保險條例》第二十壹條
職工發生工傷，經治療傷情相對穩定後存在殘疾、影響勞動能力的，應當進行勞動能力鑒定。
第二十二條
勞動能力鑒定是指勞動功能障礙程度和生活自理障礙程度的等級鑒定。
勞動功能障礙分為十個傷殘等級，最重的為壹級，最輕的為十級。
生活自理障礙分為三個等級：生活完全不能自理、生活大部分不能自理和生活部分不能自理。
勞動能力鑒定標準由國務院社會保險行政部門會同國務院衛生行政部門等部門制定。