合工大最好的專業是信息管理與信息系統專業。
合肥工業大學前四的專業排名為：
1、信息管理與信息系統專業
信息管理與信息系統專業是國家級壹本科專業建設點、國家特色專業。該專業培養掌握管理學、經濟學和信息學基礎理論，以及信息系統開發、大數據分析、信息資源管理等相關技術知識。
2、機械設計制造及其自動化專業
機械設計制造及其自動化專業是國家級壹本科專業建設點、國家特色專業合肥工業大學1945年建校時就設立機械科，也是最早設置汽車專業的大學之壹，在全國機械工業領域，特別是在汽車工業中，具有較強的影響力。
3、 測控技術與儀器專業
國家級壹本科專業建設點、國家特色專業、安徽省教改示範專業。自1959年創建精密儀器本科專業以來，儀器科學與光電工程學院歷經工大壹系、精密儀器系、儀器儀表學院、學院60余年的發展歷程，為我國"儀器科學與技術”學科的創建與發展做出了開拓性貢獻。
4、土木工程專業
國家級壹本科專業建設點、國家特色專業、安徽省優勢重點學科。土木與水利工程學院辦學歷史悠久，是我國近代土木學科發展較早的學院之壹，也是安徽省建築、交通和水利學科的搖籃。
合肥工業大學辦學設施。
截至2022年6月，學校有4個國家級實驗教學示範中心，1個國家級虛擬仿真實驗教學中心，3個國家級工程實踐教育中心，17個省部級實驗教學示範中心、3個省部級虛擬仿真實驗教學中心、8個省級及以上示範性教育實踐基地、124個校外聯合創業實習基地。
有31個國家級壹流本科專業建設點、15門國家級壹流課程，6門國家級精品視頻公開課，9門國家級精品資源***享課，46門省部級精品課程，13門省級精品視頻公開課，34門省級精品資源***享課。