1、考試內容不同
交通部監理工程師不僅考監理理論知識（公***科目）也考專業知識，專業性強，分為公路監理工程師、水運監理工程師兩種。
建設部監理工程師既參加單純監理理論考試，也參加綜合案例分析課程，這與專業知識水平無關。關鍵是要掌握好監督理論知識。
2、從事行業不同
交通部監理工程師從事公路建設監理的資格，由交通部批準頒發。
建設部監理工程師從事工業和民用建築監理工作，其資質由建設部頒發。
3、專業要求不同
交通部工程監理專業監理工程師和監理工程師，根據專業的不同，分為橋梁、隧道、高速公路為例，機電，經濟和其他專業，通過理論知識和專業科目可以獲得專業監理工程師證書（更專業），如果通過綜合科目考試（案例學習）可以提供監理工程師證書。
建設部監理工程師不分專業，無專業監理工程師等級，大專以上學歷，取得中級職稱三年以上均可註冊。