南京航空航天大學最好的專業如下：航空宇航科學與技術 、飛行器設計、航空宇航推進理論與工程、航空宇航制造工程、人機環境與工程、力學。
南航大學是我國國防七子之壹，在航空方面發展的非常好。現在，南京航空航天大學的航空宇航科學與技術學科在全國高校當中排名前五名，實力不弱於哈爾濱工業大學、國防科技大學等985大學，學校航空航天類專業的畢業生也大都能進入大型航空類國企工作。
而且在業內，對於南航和北航有壹個說法，叫做北航空南航天，雖然整體實力上北航比南航強壹些，但是在航天相關的專業類上，南航還是有著極強的實力的。同時南京航空航天大學仍然在航空航天領域有著很大的影響力，我國第壹架無人駕駛直升機、第壹架微型飛行器、第壹架高原無人機都出自南航。
另外這些年來，南航在江蘇的招生錄取分數線壹直穩穩地位居南大和東大之後，排名第三。例如2017年江蘇省的理科壹本線是331分，而南航的錄取分數線是375分，這個分數線比壹本分數線高出了44分。
南航雖然不是985類高校，但是這個錄取分已經超出外省許多985高校在江蘇的招生分數。而事實上，南航許多專業的錄取分數線遠遠起過學校的基礎錄取分數線。