青礁慈濟祖宮位於廈門市海滄區海滄街道青礁村的東鳴嶺山麓，現在的海滄街道原屬龍溪地區海澄縣三都，1958年因政區調整劃歸廈門市郊區，而原屬同安縣的角美鎮則劃歸龍溪地區龍海縣(海澄、龍溪二縣合並為龍海縣)。因此，原海澄縣境的青礁慈濟宮改屬廈門市，白礁慈濟宮則改屬龍溪地區(今漳州市)。
文中圖源：廈門市青礁慈濟祖宮
青礁慈濟祖宮始建於南宋紹興二十壹年(1151)，奉祀北宋著名的民間醫生吳本。吳本(979～1036)，字華基，號雲沖，出身於白礁村的貧苦農民家庭，年輕時雲遊四方，拜師學醫並選定龍池巖作為其修道、煉丹、行醫之處。吳本不僅醫術高明，且醫德高尚，治病不分貴賤，不取報酬。宋明道二年(1033)漳州、泉州瘟疫流行，因吳本義診施藥而得以存活者難以計數。民間還流傳吳本治愈宋仁宗母後的乳癌，被封為“妙道真人”而揚名四海的事跡。景_三年(1036)五月初二，吳本在文圃山采藥不幸墜崖而死，時年58歲。
吳本逝世的第二年，即宋仁宗景_四年(1037年)，白礁村的父老鄉親為紀念這位救死扶傷的名醫，自發籌款在家鄉建“龍湫庵”，庵內雕塑吳真人形象，虔誠供奉。宋紹興二十年(1150年)宋高宗頒詔動支銀庫、遣使監工，把龍湫庵改建為壹座宮殿式的廟宇，賜名“慈濟廟”。宋紹興二十壹年(1151年)，後因進香人數眾多，又在吳本煉丹處另建青礁慈濟廟，由此形成東西兩廟。淳_元年(1241年)，奉敕改廟為宮，白礁慈濟宮稱西宮，青礁慈濟宮，也則稱東宮，為彰示吳本的德行，自宋代以來，歷朝皇帝先後予以追賜封號之殊榮，其中尤以北宋仁宗追封的“妙道真人”和明成祖追封的“保生大帝”最為著名，吳本亦因此被民間稱為“吳真人”、“保生大帝”或“大道公”，成為備受後人敬仰的醫神和鄉土保護神。明末清初，三都及白礁人隨著鄭成功收復臺灣，對吳真人的信仰也隨之廣泛傳入臺灣和東南亞地區。至今，僅臺灣就有二百多座的吳真人宮廟，還成立了“臺灣保生大帝廟宇聯誼會”，這些經由大陸傳爐的宮廟都遙奉漳州的白礁慈濟宮和海滄的青礁慈濟宮和為祖廟，每年組織大規模進香團前來舉辦瞻仰法會。
現存海滄青礁慈濟祖宮重建於清初，系重檐歇山頂磚石木結構三進建築，坐西朝東，建築面積1305平方米。中軸線自東向西逐漸增高，前殿重樓，由檐廊、門廳和鐘鼓樓組成;中殿為正殿，內供吳真人神像，殿前有拜亭。後殿重建於1989年，內供佛道諸神。三殿由兩側廊廡通連。宮內保存大量珍貴的石雕、木雕、彩繪藝術品，體現了閩南匠師精湛的工藝水平。
青礁慈濟祖宮還保存清康熙三十六年(1697年)、嘉慶十九年(1814年)、鹹豐四年(1854年)和光緒二十二年(1896年)四方重修碑記，是研究宮廟歷代沿革的重要文獻資料，而宮廟西北側山上的丹井、丹竈和石臼，則是吳本當年采制藥草使用過的文物。
1989年至1991年，臺灣的吳真人信眾捐資重修三殿。2000年經國家文物局批準，按歷史原狀修復魁星樓和武聖樓。青礁慈濟祖宮1988年被公布為市級文物保護單位。
1991年被公布為省級文物保護單位。
1996年與白礁慈濟宮***同被國務院公布為全國重點文物保護單位，名為“青、白礁慈濟宮”。
2001年，被廈門市人民政府公布為涉臺文物古跡。
2008年，保生大帝信俗被列入國家非物質文化遺產保護名錄。
2011年，被國臺辦定為海峽兩岸交流基地。