建設工程施工合同糾紛，按照不動產糾紛確定管轄。根據2015年2月4日開始施行的最高人民法院關於適用《中華人民***和國民事訴訟法》的解釋（法釋〔2015〕5號）第二十八條第二款的規定：“農村土地承包經營合同糾紛、房屋租賃合同糾紛、建設工程施工合同糾紛、政策性房屋買賣合同糾紛，按照不動產糾紛確定管轄。”民事訴訟法第三十三條規定：“因不動產糾紛提起的訴訟，由不動產所在地人民法院管轄。”新民訴法解釋第二十八條第三款在此基礎上予以明確規定：“不動產已登記的，以不動產登記簿記載的所在地為不動產所在地；不動產未登記的，以不動產實際所在地為不動產所在地。”另外，根據民事訴訟法規定，因不動產糾紛提起的訴訟適用專屬管轄，當事人在約定管轄法院、提起管轄權異議的時候都不能違反級別管轄和專屬管轄的有關規定。因此，建設工程施工合同糾紛當事人，只能約定由不動產所在地即建設工程所在地法院管轄案件，不能約定其他法院管轄。
法律客觀：《最高人民法院關於適用〈中華人民***和國民事訴訟法〉的解釋》第二十八條民事訴訟法第三十三條第壹項規定的不動產糾紛是指因不動產的權利確認、分割、相鄰關系等引起的物權糾紛。農村土地承包經營合同糾紛、房屋租賃合同糾紛、建設工程施工合同糾紛、政策性房屋買賣合同糾紛，按照不動產糾紛確定管轄。不動產已登記的，以不動產登記簿記載的所在地為不動產所在地；不動產未登記的，以不動產實際所在地為不動產所在地。