1、職工本人提出書面申請；
2、經單位行政領導批準；
3、簽訂“停薪留職”的協議書；
4、報企業主管部門和當地勞動人事部門備案；
5、若職工要求從事個體經營，須憑協議書到當地工商行政管理部門辦理登記手續。
停薪留職的程序：
1、員工提出申請：員工需要向所在單位提出停薪留職的書面申請，並說明理由；
2、單位審核：單位根據員工的申請和單位的實際情況進行審核；
3、簽訂協議：雙方在同意停薪留職後，需簽訂停薪留職協議，明確雙方的權利和義務；
4、辦理手續：按照協議和相關規定辦理停薪留職的手續，包括人事變動、社保暫停等；
5、留職停薪期間：員工在留職停薪期間應遵守協議約定，單位應保留員工的職位。
綜上所述，申請停薪留職證明的步驟包括職工提出書面申請，經單位行政領導批準，簽訂協議書，報備企業主管部門和當地勞動人事部門，以及若從事個體經營，還需到當地工商行政管理部門辦理登記手續。
法律依據：
《勞動人事部、國家經濟委員會、國家工商行政管理局關於企業職工要求停薪留職問題的通知的補充通知》
第五條
職工要求“停薪留職”，由本人提出書面申請，經單位行政領導批準後簽訂“停薪留職”的協議書，並報企業主管部門和當地勞動人事部門備案。要求從事個體經營的“停薪留職”人員，必須憑“停薪留職”協議書到當地工商行政管理部門辦理登記手續。