1、執業地點不同
國家助理醫師，國家實行醫師執業註冊制度。取得醫師資格的，可以向所在地縣級以上人民政府衛生行政部門申請註冊。
取得鄉鎮執業助理醫師資格證書的，持與鄉鎮衛生院簽訂的合同、《醫師資格證書》等有關材料，到該鄉鎮衛生院所在縣級衛生行政部門註冊，取得《醫師執業證書》，執業地點限定為該鄉鎮衛生院。
2、變更不同
國家助理醫師和變更執業地點、執業類別、執業範圍等註冊事項的，應當到準予註冊的衛生行政部門依照本法第十三條的規定辦理變更註冊手續。
鄉鎮執業助理醫師在報名所在鄉鎮衛生院執業滿5年後，可以變更到本縣其他鄉鎮衛生院執業。
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擴展資料：
（壹）深化醫藥衛生體制改革，加強農村基層醫療機構建設，探索解決部分地區鄉鎮衛生院缺乏執業助理醫師的有效途徑，提高農村地區醫療服務的可及性。
（二）試點依據
試點根據《執業醫師法》、《醫師資格考試暫行辦法》、《醫師執業註冊暫行辦法》和《中***中央國務院關於深化醫藥衛生體制改革的意見》等組織實施。
（三）考試類別
考試設臨床和中醫（有規定學歷）2個類別。
（四）考試形式
考試報名、資格審核方式及程序按照執業助理醫師資格考試規定進行；報名、考試時間與全國醫師資格考試時間相同。考生報名時應當在醫師資格考試網上報名系統相應欄目中選擇“鄉鎮執業助理醫師”。考試包括實踐技能考試和醫學綜合筆試。
（五）考試組織與管理
按照國家執業助理醫師資格考試方式組織和管理。國家醫學考試中心和國家中醫藥管理局中醫師資格認證中心負責編制考試大綱和命題組卷，並負責考務管理和閱卷評分。試點省（區、市）考區負責本省（區、市）考試組織管理工作，包括設置單獨考場、單獨報送考試答題卡等。
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