1、效益優先性；這是反映醫院效益與績效工資分配的關系的問題。假若醫院低效益，沒錢發績效工資，那麽壹切績效工資管理就失去大前提。所以醫院的效益，科室的效益是績效工資分配的首要問題。有了效益才談得上績效工資分配。
2、科室效益核算與醫療管理指標的結合。科室效益核算是第壹位的，但是僅存在科室效益的核算，還遠不能滿足醫院發展的要求，醫療市場客觀環境的要求。醫院的穩健持續經營，要求我們不但重視眼前效益，還應關註長遠利益及醫療管理指標考核。
3、體現公平性；公平是相對的，不公平是絕對的。
績效工資等級定位
高層次：臨床科室（內科，外科，婦科，產科等直接對病人實施診療的科室）。
較高層次：醫技科室 （B超，CT，MR，放射，化驗等科室為臨床提供檢查結果的科室）。
低層次：後勤科室（總務，基建，食堂等）。
中間層次：醫療輔助科室（供應室，病檢室等）、行政科室（院辦，財務部等）。