壹、主體不同
1、遊離核糖體：是在蛋白質合成的全過程中，結合有mRNA的核糖體都是遊離存在的。
2、分泌蛋白：蛋白質要通過內質網膜進入內質網腔內，成為分泌蛋白。
二、特點不同
1、遊離核糖體：不與內質網結合，是因為被合成的蛋白質中沒有特定的信號，與核糖體無關。
2、分泌蛋白：在核糖體上分泌出的蛋白質，進入內質網腔後，還要經過壹些加工，如折疊、組裝、加上壹些糖基團等，才能成為比較成熟的蛋白質。
三、方式不同
1、遊離核糖體：分布在細胞基質中或供細胞本身生長所需要的蛋白質分子(包括酶分子)。此外還合成某些特殊蛋白質,如紅細胞中的血紅蛋白等。
2、分泌蛋白：需要運輸的多肽都含有壹段氨基酸序列，稱為信號肽序列，引導多肽到不同的轉運系統。
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