第壹，適用範圍不同。電子簽名文件的適用範圍稍有局限，目前還不能適用於涉及婚姻、收養、繼承等人身關系；涉及停止供水、供熱、供氣、供電等公用事業服務；以及法律、行政法規規定的不適用電子文書的其他情形。而手寫簽名文件適用範圍不限。
第二，簽署方式不同。在電子文件上簽署電子簽名，就是用私鑰對電子文件及與其壹起存儲的電子文件消息摘要數據進行加密，包括自動簽署、點擊簽署、短信簽署、視頻簽署等多種方式。而手寫簽名在各種紙質文件上書寫的簽名具有明顯的個性特征。
第三，簽署樣式不同。電子簽名壹般常用的是圖形或圖像，即有個體特征的手寫簽名文字構成的圖形或印章圖像（但電子簽名的效力並非基於圖形或圖像本身，而在於背後的數字證書）。而手寫簽名就是有個體特征的手寫體文字。
第四，驗證方式不同。電子簽名驗證人擁有或可以直接訪問電子簽名人的數字證書（內含公鑰），以驗證電子文件中簽名的真偽及簽名人的身份。經CA機構頒發的數字證書，可作為網上身份證明的依據，具有不可否認性。而手寫簽名是通過目視比較、識別手寫體簽名的個體特征信息及其筆跡，從而確認手寫簽名的真偽。為增強手寫簽名的可靠性及不可否認性，需要辦理公證，產生額外的成本。
與手寫簽名相比，電子簽名效率更高、管理更高方便，而且更加節約辦公成本，低碳環保，而且還能合同內容不易被篡改，符合當前企業數字化轉型的需求。