001過山車殺人案，青梅竹馬的心怡和毛利蘭去多洛比加遊樂園玩，在坐過山車的時候被殺害。
成功破案後，心怡跟蹤到兩名神秘黑衣男子，並目睹了黑衣男子進行現金交易的場景。正當他全神貫註的時候，沒想到，另壹名黑衣男子突然從後面出現，將他打倒在地，並潑下了該組織新研制的毒藥。辛屹覺得自己的骨頭都要裂了。。。
002董事長女兒被綁架案被警方驚醒後，心怡發現自己的身體已經退化成了童年。新壹在家裏見到了阿笠博士，並讓他相信自己是壹個更小的新壹。為了隱瞞新壹還活著的事實，也為了不連累周圍的人，新壹聽從了醫生的建議，決定匿名。為了得到黑組織的信息，柯南把小蘭的父親當成了偵探，住在小蘭家裏寄養。此後，柯南壹直潛伏在毛利辦公室，壹邊幫助毛利破案，壹邊搜尋涉黑組織的線索。
005新幹線爆炸，柯南在火車上遇到兩個黑衣人，阻止了他們引爆新幹線列車殺人，並成功得知他們的代號——杜松子酒和伏特加(動畫與漫畫情節相比有所變化)。
013離奇命案，該組織成員宮野明美(化名廣田亞米)策劃了壹場價值十億美元的搶劫，以幫助妹妹宮野誌保脫離該組織，但在得手後不幸被琴酒射殺。她臨死前向柯南透露，那是壹個籠罩在濃霧中的龐大組織，組織的顏色是黑色的。
043年，柯南在江戶川被綁架，新壹的父母從醫生那裏得知事情越來越小，他的母親偽裝成江戶川·戴文，父親偽裝成暗夜公爵，假扮成黑暗組織的成員和柯南開玩笑。
054電子遊戲公司謀殺案，柯南在參加滿天堂遊戲公司新作發布會時，偶然聽到黑組織成員之壹的龍舌蘭酒叫伏特加。然而龍舌蘭酒馬上就被誤殺了。
128黑暗組織10億元的搶劫案，因為漫畫對應的“013怪殺親人”被改編，所以動畫在這裏加了壹集，敘述了足原君的姐姐宮野明美被琴酒殺死的情節，為後來足原君的出現做了鋪墊。從金和宮野明美的對話中，我們知道宮野誌保是組織中為數不多的有腦子的人，這和她姐姐只是組織小卒不同。
第二階段:兩個黑衣女人！月圓之夜的推理對抗
129壹個來自黑暗組織的女子大學教授參與了這起謀殺案。宮野誌保，其組織代碼是雪莉，抗議她的姐姐被殺害，以阻止對APTX4869的研究，並被囚禁在毒氣室。絕望的她拿著隱藏的APTX4869想自殺。沒想到的是，她和新壹壹樣，沒有中毒身體萎縮成小時候的樣子，還能從垃圾通道逃出來。
雖然隱藏了兩個灰原，但組織並沒有放棄尋找叛徒的努力，柯南和灰原從此卷入了組織調查和反偵察的大戲中。不過，足原似乎沒有透露更多關於該組織的信息。此時，她對組織感到極度恐懼。
130-131競技場內沒有發生脅迫事件。劇情本身與組織無關，但阿沙拉的話暗示著組織有壹個龐大的計劃，這個計劃在半個世紀前就開始了，但具體是什麽卻不得而知，柯南也陷入了這個計劃。
170-171在黑暗的角落裏，新出智明的父親被繼母殺害，小五郎在柯南的幫助下破案。乍壹看，與主線無關，但隨後的劇情表明，這是青山兩年來的壹大伏筆，也是三方對決前真正的新出智明唯壹壹次亮相。為了保護無辜的女傭，警方修改了案件的記錄，隱瞞了真正的作案手法，只有真正的新人知道，後來被朱迪用來指證貝爾摩是新出智明。
176-178與黑暗組織告別，柯南和蘆原意外發現GIN的車停在路邊，於是柯南在車上安裝了發射器和{mod}來獲取組織的信息。雖然他得知黑組織成員之壹的皮斯科將在河口酒店刺殺議員吞口，但{mod}被琴酒發現並銷毀，他還通過留在車上的棕色。
柯南和足原潛入宴會阻止暗殺計劃，但他們沒有時間，足原不幸被皮斯科抓住並綁架囚禁在酒窖裏。
柯南壹方面利用警察拖住嫌疑人皮斯科，另壹方面提醒足原白喝，為雪利酒逃出壁爐成功挽回。
沒想到的是，GIN在樓頂等著他，向SHERRY開槍。就在這個關鍵時刻，柯南帶著變聲器出現，用麻醉針打死了金妮。雪莉得以趁機從煙囪逃出，回到灰燼中。
皮斯科也來到酒窖殺死了足原，但柯南暴露了自己的身份。結果皮斯科被杜松子酒滅口了，死前還沒來得及說出足原= =雪利酒的秘密。琴酒在與柯南的對抗中被麻醉針打傷，雪莉也被發現有騎士保護。
188-193危急生命復活。柯南吃了足原研制的解藥後，短暫變回新壹，扮成黑騎士去見蘭。
222-224導致死亡的人魚傳說，劇情本身與主線無關，但在這個宣揚長生不老的人魚島上，宮野誌保的名字居然在簽約名單上，暗示APTX4869不是簡單的毒藥，它的研究無疑與長生不老有著千絲萬縷的聯系。
在226-227格鬥遊戲的陷阱中，朱迪遇到了柯南，並註意到他在花園的幫助下破案。於是，她發現柯南不簡單，臨走的時候在抄照片的家夥裏給柯南抄了苦艾酒的名字。
230-231，壹個粉絲般的乘客，壹個年輕的偵探團隊，壹個醫生，在公交車上遇到了壹起去美術館的朱迪和辛楚。此時，艾感覺到公交車上有組織的成員變得非常害怕，隨後公交車被劫匪劫持。雖然在大家的努力下最終抓住了劫匪，但是艾呆在快要爆炸的車裏想死，最終被柯南救了出來。
233不能消失。柯南和足原回憶起那天的公交車事件。足原很擔心，但是柯南肯定說她的身份沒有暴露，因為像足原可以感覺到組織成員壹樣，偵探也有感覺到殺人的能力。
242元的災難，劇情本身與主線無關，結尾提到琴酒是左撇子。
253-254這個大廳裏的犯罪愛情故事ⅳ。當佐藤警官去和白鳥相親時，柯南成功阻止了新竹假扮高木，並發現他的演技高超。秀吉看著苦艾酒，小蘭壹看到就覺得似曾相識。
來自芝加哥的258-259人。柯南等人認識了來自芝加哥的老人“詹姆士·布萊克”。後來被誤認為名人，被綁架了。事實上，他是在玩遊戲，並嘗試柯南的技能。柯南破解了熊貓車的密碼，救出了布萊克。
最後布萊克甚至稱柯南為酷哥，可見他和朱迪是壹夥的。
赤井在接布萊克的時候說自己被愛人甩了，所以把頭發剪短了。赤井在開車的時候被柯南和足原看了壹眼，足原有了奇怪的反應。
情人節的真相266年到268年，有人看到京極真戴著黑色針織帽，柯南以為是赤井，非常緊張。小蘭說她可能認識這個戴黑色針織帽的男人，這引起了柯南的註意。
269-270犯罪紀念品，視頻殺人案被破獲的時候，從高木那裏得知，大巴劫持當天，毛利小五郎的相關檔案被盜，然後被送回，暗示有人在調查他們，這讓柯南相當緊張。
271-272匆忙掩飾疏忽，柯南再次在朱迪面前破案。苦艾酒給金酒發了郵件，提到了“藏了很久”的雪利酒，給的十字繡照片發了飛鏢，還有柯南和蘭的照片。
274-275鬼屋的真相，新出現在本集開頭。劇情暗示他所有的仆人和親戚都消失了，他說他去了青森。
277-278英語老師VS西方某著名偵探。醫生得知毛利小五郎的相關檔案被盜後送回，於是邀請平姬幫助柯南。兩人分析偷案卷的人是想引誘人出來，於是去朱迪的公寓探查，並要求醫生在網上調查克裏斯的信息。
雙方接觸過程中發生了壹起命案。雖然案子破了，但是對朱迪的誘惑沒有成功。
柯南最後說，除了朱迪，另外兩個可疑人物應該是赤井和信吾。
279-280迷宮的黑暗，在柯南的要求下，醫生查看了克裏斯網站上的信息，發現她是已故美國明星莎倫·賓亞德的女兒。
284-285似曾相識中華街的雨中，286-288 NY事件，繼前面藍回憶的“戴黑針織帽的人”，敘述藍發燒病倒時的金蘋果事件。他還講述了心怡與蘭、莎倫的第壹次相遇，以及他們對銀發殺手的救命之恩。
最後提到真兇其實是被別人滅口的。後來才知道，假兇手是苦艾酒演的。這個計劃原本是要把壹休引出來殺掉，但是沒有成功。
307-308沒有留下聲音的證據。小五郎受托尋找失蹤的電腦工程師板倉卓。從當事人的談話中，柯南得知他是龍舌蘭酒的聯系對象，是在電子遊戲公司遇害的組織成員。最後通過追查案情，柯南得到了組織的線索——板倉日記。
309-311聯系了黑暗組織。在案件開始時，柯南和蘭遇到了，阿凱說蘭又哭了。
此外，柯南還得知了蘭與赤井的相遇，並得知了赤井的身份。但柯南還是有些疑惑，想起了布萊克被綁架時艾對赤井的奇怪反應。
通過看板倉的日記，我知道黑組織委托他開發壹個對人類有害的軟件，但他最終沒有完成。
柯南誘騙伏特加更改交易時間，試圖偽裝成板倉和伏特加的接頭，以此獲取他的指紋和行蹤信息。沒想到，就在他快要成功的時候，因為杜松子酒的突然出現而功虧壹簣。柯南差點被發現，最後躲在儲物櫃裏僥幸逃脫。
當柯南和艾最後離開的時候，赤井和艾在附近似乎互相有了感情。
312布偶感染夕陽，悼念第壹次提到自己的人生經歷。她提到她的父親名叫宮野厚司，曾經是化學領域非常著名的科學家，但她被稱為“被科學界流放的瘋狂科學家”，她的母親是壹個非常神秘的女人。
兩人壹起在組織裏研究“秘密藥物”，但生下她後不久就去世了，據說是意外。
她還沒懂事就被送到美國學習，回來繼承父母的研究，說她的研究是壹種可以操縱生死的神秘藥物，是壹種可怕的東西，它的價值是地球上任何人都無法理解的。
在《329》引發的友誼中，阿笠博士提到他認識艾的父親宮野厚司，他善良有禮，不像任何“瘋狂的科學家”，還提到他的妻子艾琳娜是壹名英國學生。宮野教授從沒提過他在研究什麽。
335-336杜東開發院的秘密是Hiko回到日本，帶著偵探隊去杜東開發院看電影。在路上，習字和柯南發現他們被跟蹤了。柯南認為跟蹤者要麽是沖著他來的，要麽是沖著灰原來的，很可能是黑組織的人。
末了，赤井還拍了少年偵探隊的照片，看著喪說太像了。
338-339 4保時捷，壹開始柯南很奇怪的騙醫生說新的不在家，後來不知名的醫生找到新的給蕭艾看病。末了，味美思冷笑著用打火機點著了雪莉的照片，得意地自言自語道:“給妳...妳準備好了嗎？”我來找妳了！"
340-341藏在廁所裏的秘密柯南、足原和博士來到足原父親宮野博士工作的辦公室，想得到壹些關於黑組織的信息和足原父母的下落。結果，他們在廁所裏發現了宮野明美母親留下的帶子。
足原找到了明美藏起來的帶子，媽媽的臉浮出了水面，由此而來的是“地獄角”。18生日結束時她媽媽留下的話裏應該提到了壹件很神奇的事，但是青山沒有解釋。
末了，苦艾酒壹邊從機場出來壹邊講電話。從對話中，我們得知她找到了壹個叫卡爾瓦多斯省(蘋果酒)的組織成員，這似乎是她下壹步行動的重要部署。
在便利店343-344的劇情中，柯南發現了有人來工藤屋的痕跡，而且不是小蘭。
朱迪老師突然辭去了在迪丹高中的英語老師的工作，說她想回美國。在歡送會上，小蘭無意中在朱迪浴室的鏡子後面發現了朱迪與柯南、足原等人的隱藏照片，不禁產生了懷疑。
345在月圓之夜直接對抗黑組織的二元推理。
柯南收到了壹封來自苦艾酒的信，邀請新壹參加化妝舞會，稱他為江戶川柯南！
柯南知道自己的身份暴露了，決定采取行動。他壹方面邀請服部哲假扮新壹參加化妝舞會，另壹方面用麻醉針麻醉阿沙拉，假扮成她為自己的組織做準備。
來接他的不是苦艾酒的假新人，而是朱迪！事實證明，美國聯邦調查局也有自己的計劃。他們打算先去接格雷平原，引誘苦艾酒跟著他們去碼頭，然後逮捕他們。
朱迪暴露了苦艾酒既是克裏斯·賓亞德又是莎倫·賓亞德，但當她叫她的同伴去逮捕苦艾酒時，她被埋伏的卡爾瓦多斯省打傷了。
原來苦艾酒更擅長下棋。她很久以前就知道了美國聯邦調查局的逮捕計劃，事先裝扮成朱迪來到碼頭命令埋伏的美國聯邦調查局特工撤退。
就在朱迪處境危險的時候，另壹邊的化妝部門在舞會上破案，扯下了偽裝。柯南還撕下面具，用麻醉針控制了苦艾酒。柯南的策劃終於笑到了最後。
但就在這個時候，情況突然發生了變化，擔心柯南安危的阿沙拉突然用備用追蹤眼鏡發現了它，破壞了柯南的偉大計劃。味美思趁機用麻醉針射殺柯南，並將手槍對準了阿沙拉！
就在局面失控的時候，小蘭突然從朱迪的汽車後備箱裏跳出來保護灰原，阿凱也及時出現，逼迫苦艾酒挾持柯南，逃離被告席。
就在味美思給BOSS發郵件報告的時候，他突然發現柯南有個發射器。原來柯南留了壹手。他已經預料到當他找到阿修羅時，苦艾酒會向老板報告。
苦艾酒不得不承認放棄了雪利酒。為了避免暴露BOSS的郵箱地址和身份，味美思不得不使用催眠氣體，並開槍自殺以保持清醒。在破壞了發射器後，他驚慌地逃離了現場。
346-347尋找屁股上的印記，案件最後壹集結束。朱迪在被綁架的柯南和蕭艾的幫助下隱藏了這場驚心動魄的對抗。經過布美等人的間接鼓勵，艾終於鼓起勇氣面對自己的命運，決定與黑暗組織作鬥爭，並拒絕了的證人保護計劃。
361迪丹高中的鬧鬼學校，貝爾摩的身份曝光後，為了不引起大家的註意，真正的新老師又回到學校上班了。
第三階段:惡魔之聲！銀彈安魂曲
在371-372的無聲路線上，柯南對沖繩事件中本山先生的手機按鍵產生了奇怪的反應。
375顆星星和香煙的暗號，還有鳥取縣的村警給奶奶打電話那頭的手機按鍵聲，也讓柯南產生了奇怪的反應。
385-387斯特拉迪瓦裏的小提琴沒有xx音。通過對前兩個熟悉的電話按鍵的分析，柯南確認了組織頭目的前四個郵箱地址與鳥取縣的區號相同，都是0858。柯南問了有著絕對樂感的羽賀響輔後，得知這首曲子的曲子是《七個孩子》！
394怪屋歷險記壹開始，柯南分析黑組織通過兒歌記住了BOSS的郵箱地址，使其無法存儲在手機中，並推斷出黑組織BOSS的真實郵箱地址，被阿沙拉變成了潘多拉魔盒，卻因無法深入而被海原Ai阻止。
425黑撞擊！在組織魔掌觸碰的那壹刻，柯南因為忘記取回{mod}而發現了令人震驚的大秘密！原來，電視主持人水無憐奈也是黑人組織的成員。柯南偷聽了她和金的暗殺計劃，並成功阻止了他們。
不料琴酒發現水無鰨{mod}，小五郎卻被他們懷疑，有生命危險。
幸運的是，壹休及時出現，打傷了金，並把{mod}裝置放到了美國聯邦調查局上。
苦艾酒也再次保護了毛利等人。
代號為KIR的水無憐奈在手術中受傷昏迷，被美國聯邦調查局送往Cuphouse中心醫院控制。
此外，柯南得知布萊克也和美國聯邦調查局在壹起。
429-430回不到以前的兩個人了。小蘭的倒黴蛋同學應友出現在這個大廳裏，眼神和水的不太像。他好像註意到柯南是通過毛利語破案的，這讓柯南感到很不安，懷疑這個大廳的身份。
446-447封海洋之窗，本館在刺探柯南，柯南怕本館發現，不敢自己破案。
462黑色組織的陰影
壹個年輕的目擊者，壹個孩子，目擊了壹個歌手被從橋上扔下來。這堂課用的是和水不壹樣的脈沖測謊儀，引起了柯南的懷疑。
463.黑色組織的陰影
奇怪的燈光，這個大廳幾次試圖提醒毛利等人沒有水的東西來獲取信息，但柯南看到了，改變了話題。
464黑色組織的陰影
神秘高額懸賞，本堂故意引誘毛利人註意到發生在壹個孩子家裏的奇怪事件。這個孩子目睹了水無憐奈受傷。他說，他的母親在去世前曾與陌生的外國女性交談，並詢問水無憐奈的下落。
465.黑色組織的陰影
珍珠流星，當孩子要說是主持人水無憐奈從摩托車上摔下來的時候，柯南及時用壹個蒙面超人把話題岔開了。柯南通過外國女性對孩子的回答“分泌者使女人成為女人”，推斷這個女人是苦艾酒。
另外，金在本期節目中所說的水沒有得到老板信任的事情，也說明她與壹個叫的臥底之死有很大關系。
466形影不離的雪人，柯南壹開始就推測組織已經知道了水無傷住院的事實，並分析黑暗組織不會對孩子進行報復，對本堂的真實身份非常困惑。
479 * *與服部平次在壹起3天，柯南推測水月不可能殺了瀛友的親人並改變了她的容貌，於是讓服部哲調查水月年輕時在大阪發生的事情。
服部哲調查484-485的黑照下落無果，卻意外查出了唐唐和他父親在大阪的生活狀況，因為英佑小時候曾經和父親壹起去過大阪的燒烤屋，他父親和店長很合得來。然而，商店經理已經去世了，所以柯南，阿笠博士和足原決定去拜訪住在東京的商店經理的孫子的房子，希望從他那裏獲得壹些關於這個大廳和他父親的信息。沒想到的是，這位模型愛好者西郡的家中發生了壹起盜竊案。成功解決後，柯南終於無意間看到了應佑拍攝的照片，並在照片中見到了應佑的父親，得知應佑的父親經常穿著黑色西裝與外國人打交道，並在公司(=CIA)工作，還壹度進入了黑組織。
491-494紅黑的碰撞開始了，血緣關系絕對叫鬼土。蘭和去醫院看望他們的初中同學，見到了在醫院捧著水的本英友，沒有照片。他辯解說，他是在找和水很像的妹妹。為了弄清楚我們的姐姐到底是不是水武，蘭找到了水武的超級粉絲，看了水武早期的視頻，得知水武的血型是AB型，但是穎友用姐姐給她輸過血的例子說明自己的血型和姐姐的血型都是O型，這讓柯南明白了水武和穎友的姐姐並不是壹個人。為了證明自己的血型，英優帶著毛利等人來到了母親曾經服役的房子。看過母嬰健康手冊的柯南等人證實了穎佑的血型確實是O型，那麽為什麽這水看起來那麽像穎佑的姐姐呢？
在這壹集的最後，柯南發現穎佑的胸前有壹個奇怪的傷疤...
495紅色和黑色的碰撞令人昏昏欲睡。蘭說，穎友突然失蹤了，失蹤前他說在醫院打聽妹妹的消息時，遇到了壹個疑似父親同事的人。辨別的方法是通過類似於他父親發郵件時的電話按鍵。柯南斷定，潛入沒有水的醫院的不是中情局，而是該組織，於是他去醫院和美國聯邦調查局商量對策。通過詢問醫生，柯南確認了黑組織的人在醫院裏沒有發現水的痕跡，並鎖定了三名嫌疑人。
496紅黑碰撞入侵。通過柯南的誘惑，美國聯邦調查局查出了黑組織成員南天，並意外得知穎友做過白血病手術。
497紅與黑的碰撞驚醒，美國聯邦調查局對偷拍南天病人名單事件處理不當。不幸的是，這驚動了他。雖然南天在逃跑過程中自殺了，但金等人也了解到了水屋所在的醫院，正在趕往醫院的路上…
在這壹集裏，柯南從朱迪老師等人那裏了解到了赤井悲慘的過去。原來，他曾是宮野明美的男朋友，並利用其姐姐宮野誌保的關系，以朱興達的化名潛入該組織。由於變現突出，不僅得到了拉伊的代號，還獲得了與組織高級幹部金共同行動的資格。正當他和美國聯邦調查局想借此機會誘捕金，把這個組織連根挖出來的時候，因為他們的壹個搜查人員的失誤而功虧壹簣。結果明美被組織殺害，智寶被迫逃離組織。
為了搶救水屋，GIN策劃了集體食物中毒、怪味和火災引起人員騷動、大量病人壹次性湧向庫浦中心醫院等三大事件。在此，不得不為GIN的計劃致敬，不僅可以不露痕跡地將人員插入庫普中心醫院，而且無意針對庫普中心醫院，也讓美國聯邦調查局完全無力還手。與此同時，我在醫院的咨詢臺突然收到壹個南天為詹姆斯簽名的包裹。這朵花名叫樓鬥草，其實就是“奪旗”的意思！但令人驚訝的不僅僅是這場宣戰。赤井還發現花盆裏放了炸彈！
卡梅爾叔叔終於有機會比賽了。他和朱迪把炸彈帶到壹個安全的地方並引爆了它，但是美國聯邦調查局發現醫院同時收到了很多楠田陸道簽名的包裹，其中就有炸彈！此時，在無人看守的無水病房裏，我們學校的穎友還高高地舉著壹把剪刀。。。
499紅黑碰撞迷彩，美國聯邦調查局搜查人員在收集炸彈時發現，水無憐奈穿著病號服出現在電視上！搜查人員趕到惜奈的病房，卻看到惜奈靜靜地躺在床上。原來電視上的圖像是由之前的數據編輯合成的，組織已經根據炸彈裏放的發射器鎖定了仁愛的病房。太神奇了！
美國聯邦調查局不得不采取最後壹招——三輛車壹起上，不換水！神秘的卡梅爾承擔了沒有神的運水任務。朱迪試圖阻止他，但他把他打昏了。這是卡梅爾嗎？此時，金酒也派出伏特加、基安蒂和科恩針對三輛車，成功判斷出卡梅爾的車裏沒有水。
500紅與黑碰撞的最後壹句話，面對金和他手下的逼近，卡梅爾本打算用車技擺脫賽道，卻突然被壹個裝滿炸彈的箱子襲擊，3號車也撞上護欄停了下來。本來用來睡覺的水，關鍵時刻沒有釋放出來。就在基安蒂準備擺脫暈乎乎的卡梅爾的時候，3號車突然爆炸了。水屋和琴酒順利回歸組織。美國聯邦調查局和柯南精心策劃的計劃輸了嗎？
原來，柯南和赤井早就發現水屋已經醒了，他們知道水屋的確是盈盈的妹妹，中情局的唐本瀛海。瑩瑩曾患白血病，用了姐姐的造血幹細胞，做了骨髓移植，在不知情的情況下改變了血型。柯南和赤井利用英佑的出現迫使水舞醒來並與美國聯邦調查局對話，他們的父親伊桑·唐本悲慘死亡的故事再次被提起。赤井，柯南與水無約，水不作為Kir回歸組織，成為鋼楔！
501疑似紅與黑的碰撞，柯南和赤井向因失去水武而沮喪的美國聯邦調查局說明了他們計劃的真實性質。原來，水屋的真實身份是中情局特工本英海，他們已經達成協議，水無憐奈除了向中情局報告外，還將繼續以基爾的身份回到該組織，並向美國聯邦調查局提供情報。水無憐奈的條件是她的弟弟唐本·英優加入證人保護計劃。而且要求在任何情況下優先考慮中情局的任務需要，美國聯邦調查局可能有問題。赤井似乎已經預料到了這個要求。。。
與此同時，重返組織的水武試圖保護醫院的工作人員。但GIN並沒有對如此簡單的拯救回水充滿懷疑，這預示著柯南和赤井的計劃可能不會如此順利。
酒店裏發生了壹起謀殺案。受害者是壹家經濟公司的總裁，該公司租用39樓的酒店，主要培訓外國演員。嫌疑人是托比？凱因斯，南波瑠？巴庫納，美國聯邦調查局三大特工之壹卡梅爾。由於卡梅爾長相兇悍，拒絕說出自己的職業，被少年偵緝隊和警方視為重點嫌疑人。無奈的柯南只好偷偷打電話給朱迪，請她幫忙。
出門前，阿凱告訴朱迪要小心，說他有不好的預感，因為那天剛好是13周五。
502紅與黑的碰撞是白色的。朱迪假裝是卡梅爾的女朋友，並證實了他是美國聯邦調查局特工的身份。終於，她放心了。
這時，為了消除疑慮，金向水舞傳達了讓赤井秀壹從這個世界上消失的命令。
在新密華酒店，卡梅爾告訴朱迪，是他的錯誤導致了兩年前誘捕金的計劃失敗。赤井的美國聯邦調查局身份暴露，赤井的女友宮野明美也被該組織殺害。
水五撥通了阿凱的電話，假裝在組織裏混不下去了，想脫離組織，邀請他在野山路見面。詹姆斯懷疑這是壹個陷阱，想把朱迪叫回來討論壹下，但阿凱阻止了他。
503紅與黑相撞，柯南在新密華酒店幫忙破案。
此時，阿凱正高速向集會地點野山路行駛，但黑衣組織早已布下重圍。
504紅黑相撞死亡，終於到了這壹集！阿凱和水武在野山路相遇，水武先用手槍射穿了阿凱的肺。通過攝像頭看著情況的金，直接用手槍向水屋下達了開槍爆頭的命令。於是水屋笑著說“沒想到會這麽順利”，用手槍射中了赤井的額頭。此時，由於警車的突然出現，水屋將阿凱的屍體橫放在車上，並用定時炸彈引爆了汽車。
朱迪，他們沒有看到阿凱回來，他們在新聞上看到了冶山路的槍擊和焚燒案，他們非常擔心。朱迪想起在討論作戰計劃時，赤井曾用右手摸過柯南的手機，於是想用屍體唯壹的左右手比對指紋，以確定是否是赤井。
對比的結果是指紋壹模壹樣！！壹休死了，朱迪傷心地哭了，但是貝爾摩笑著說:“又有壹顆銀彈了！”這是真的嗎！
第二天，柯南拿回手機時，發現手機的序列號變了，但他沒有問朱迪為什麽，朱迪也沒有告訴柯南赤井殉職的事。
508卡拉ok廳第三期大幕即將落下。本堂的應友也決定告別迪丹高中短暫的生活，去美國留學。他的夢想是成為像他父親和姐姐壹樣的中情局特工，打敗黑暗組織。
臨行前，穎佑特意單獨和柯南相處，告訴他自己已經對蘭壹見鐘情，想告訴她，帶她去美國。
臨走時，應由透露，美國聯邦調查局內部發生了壹些事情，好像有人死了，但柯南笑著說“沒關系”。
第四階段:雙重間諜！阿卡伊還是波旁威士忌？(因為第四期還沒定下來，所以要根據目前的劇情給個名字。)
509紅白黃偵探組
新危機！波旁、崇亞、黑白君，美國聯邦調查局的朱迪搜索官打電話給柯南，告訴他水無憐奈的最新信息——組織壹個新的強力成員代號波旁正式出道，目標恐怕是阿修羅，並叮囑柯南要小心。
案子結束後，神秘人物崇亞找到阿笠博士，要求住在醫生家裏，但非常害怕的蕭艾拒絕了。出人意料的是，柯南主動答應給沖矢昴新房的鑰匙，並留下了意味深長的壹句話“照顧好妳的家”。(崇雅=工藤優作的理論出現了？)廢話，當蕭艾問起借房子的原因時，答案竟然是“因為福爾摩斯粉絲中沒有壞人”！
510-511推理決鬥！新沂VS沖矢昴