壹、形式差異
增值稅發票電子版是以電子數據形式存在，通過特定的電子發票系統生成、傳輸和存儲。它具有數字簽名和防偽技術，確保發票的真實性和不可篡改性。而紙質版發票則是傳統的紙質形式，通過打印或手寫完成，需要加蓋發票專用章以證明其真實性。
二、存儲與查閱
電子版發票可以方便地在電子系統中存儲和查閱，不受物理空間的限制，且易於備份和恢復。紙質版發票則需要占用實體空間進行存儲，且查閱時可能需要翻閱大量紙質文件，相對較為繁瑣。
三、使用便利性
在使用方面，電子版發票可以隨時隨地通過電子設備進行查閱和傳輸，極大地提高了交易效率和便利性。而紙質版發票則需要通過郵寄或人工傳遞等方式進行交付，時間和成本相對較高。
四、管理要求
在管理上，電子版發票需要建立完善的電子發票管理系統，確保電子數據的完整性和安全性。紙質版發票則需要按照相關規定進行歸檔和保管，以防止發票丟失或損壞。
綜上所述：
增值稅發票電子版與紙質版在形式上有所不同，但在功能上都是作為稅務憑證的重要文件。電子版發票具有存儲方便、查閱快捷、使用便利等優勢，而紙質版發票則具有實體存在、直觀易懂等特點。在實際應用中，企業可以根據自身需求和實際情況選擇使用電子版或紙質版發票。
法律依據：
《中華人民***和國電子商務法》
第十四條規定：
電子商務經營者銷售商品或者提供服務應當依法出具紙質發票或者電子發票等購貨憑證或者服務單據。電子發票與紙質發票具有同等法律效力。
《中華人民***和國發票管理辦法》
第二十三條規定：
安裝稅控裝置的單位和個人，應當按照規定使用稅控裝置開具發票，並按期向主管稅務機關報送開具發票的數據。
使用非稅控電子器具開具發票的，應當將非稅控電子器具使用的軟件程序說明資料報主管稅務機關備案，並按照規定保存、報送開具發票的數據。
國家積極推廣使用網絡發票管理系統開具發票。