原因大概有以下幾點：
第壹、水土不服
我們來後，都被擱在須作陳列室的大洋樓上，至今尚無壹定住所。聽說現正趕造著教員的住所，但何時造成，殊不可知。我現在如去上課，須走石階九十六級，來回就是壹百九十二級；喝開水也不容易，幸而近來倒已習慣，不大喝茶了……店中人能說幾句"普通話"，但我懂不到壹半。
這裏的人似乎很有點欺生。因為是閩南了，所以稱我們為北人；我被稱為北人，這回是第壹次。現在的天氣正像北京的夏末，蟲類多極了，最利害的是螞蟻，有大有小，無處不至，點心是放不過夜的。
蚊子倒不多，大概是因為我在三層樓上之故。生瘧疾的很多，所以校醫給我們吃金雞納。霍亂已經減少了。但那街道，卻真是壞，其實是在繞著人家的墻下，檐下走，無所謂路的。——兩地書?四二
但飯菜可真有點難吃，廈門人似乎不大能做菜也。飯中有沙，其色白，視之莫辨，必吃而後知之。我們近來以十元包飯，加工錢壹元，於是而飯中之沙免矣，然而菜則依然難吃也，吃它半年，庶幾能慣歟。
又開水亦可疑，必須自有火酒燈之類，沸之，然後可以安心者也。否則，不安心者也。——19261003致章廷謙
我想廈門的氣候，水土，似乎於居民都不宜，我所見的本地人，胖子很少，十之九都黃瘦，女性也很少有豐滿活潑的；加以街道汙穢，空地上就都是墳，所以人壽保險的價格，居廈門者比別處貴。——兩地書?九三
第二、不服校長作風
魯迅先生為什麽離開廈大呢?據我們當時的了解，他對“英國籍的中國人”、尊孔的林文慶校長，對排擠國學院的敦務長劉樹杞，以及國學院的壹批“現代評論”派之流人物，感到不滿，甚至憎惡。
他與學校當局根本沖突，已到了無可謂和的地步。在十二月底，他堅決地向學校提出辭職書。學校當局對他的辭職書，感到很難弄。——俞荻《回憶魯迅先生在廈門大學》
另外我還知道:學校當局連同從北京來的壹部分人土，都主張學生應該鉆進實驗室埋頭研究，百事不管;魯迅先生卻公開演說，勸學生要留心世事，出來做“好事之徒”。
校長尊孔，魯迅先生卻勸學生要少讀中國書。別人都去巴結校長，企圖做“永久教授”,魯迅先生卻壹定要走。校長要學生靜，魯迅先生卻希望學生動。弄來弄去，總不對頭。——川島《和魯迅先生在廈門相處的日子》
第三、不服顧頡剛等人
看廈大的國學院，越看越不行了。朱山根是自稱只佩服胡適陳源兩個人的，而田千頃，辛家本，白果三人，似皆他所薦引。白果尤善興風作浪，他曾在女師大做過職員，妳該知道的罷，現在是玉堂的襄理，還兼別的事，對於較小的職員，氣焰不可當，嘴裏都是油滑話。
我因為親聞他密語玉堂，"誰怎樣不好"等等，就看不起他了。前天就很給他碰了壹個釘子，他昨天借題報復，我便又給他碰了壹個大釘子，而自己則辭去國學院兼職。我是不與此輩***事的，否則，何必到廈門。
我原住的房屋，要陳列物品了，我就須搬。而學校之辦法甚奇，壹面催我們，卻並不指出搬到那裏，教員寄宿舍已經人滿，而附近又無客棧，真是無法可想。
後來總算指給我壹間了，但器具毫無，向他們要，則白果又故意特別刁難起來（不知何意，此人大概是有喜歡給別人吃點小苦頭的脾氣的），要我開帳簽名具領，於是就給碰了壹個釘子而又大發其怒。大發其怒之後，器具就有了，還格外添了壹把躺椅，總務長親自監督搬運。
因為玉堂邀請我壹場，我本想做點事，現在看來，恐怕是不行的，能否到壹年，也很難說。——兩地書?四六
我在廈門時，很受幾個“現代”派的人排擠，我離開的原因，壹半也在此。但我為從北京請去的教員留面子，秘而不說。不料其中之壹，終於在那裏也站不住，已經鉆到此地來做教授。此輩的陰險性質是不會改變的，自然不久還是排擠，營私。——19270420致李霽野
營植排擠，本是三根惟壹之特長，我曾領教過兩回，令人如穿濕布衫，雖不至於氣絕，卻渾身不舒服，所以避之惟恐不速。但他先前的歷史，是排盡異己之後，特長無可施之處，即又以施之他們之同人，所以當他統壹之時，亦即倒敗之始。
但現在既為月光所照，則情形又當不同，大約當更綿長，更惡辣，而三根究非其族類，事成後也非藏則烹的。此公在廈門趨奉校長，顏膝可憐，迨異己去後，而校長又薄其為人，終於不安於位，殊可笑也。
現在尚有若幹明白學生，固然尚可小住，但與月孽爭，學生是壹定失敗的，他們孜孜不倦，無所不為，我亦曾在北京領教過，覺得他們之兇悍陰險，遠在三根先生之上。和此輩相處壹兩年，即能幸存，也還是有損無益的，因為所見所聞，決不會有有益身心之事。——19350108至鄭振鐸
第四、好友孫伏園的離去
由此可見魯迅與廈大之間矛盾頗多，魯迅因此曾在書信中直言不諱地說“廈大是廢物，不足道了”。不論如何這主要是魯迅與校方的矛盾，與學生之間並沒有什麽沖突，魯迅在廈大是壹如既往地深受學生愛戴，而魯迅也努力教學、幫助青年。
魯迅（1881年9月25日～1936年10月19日），原名周樟壽，後改名周樹人，字豫山，後改字豫才，浙江紹興人。著名文學家、思想家、革命家、教育家、民主戰士，新文化運動的重要參與者，中國現代文學的奠基人之壹。
早年與厲綏之和錢均夫同赴日本公費留學，於日本仙臺醫科專門學校肄業。“魯迅”，1918年發表《狂人日記》時所用的筆名，也是最為廣泛的筆名。
魯迅壹生在文學創作、文學批評、思想研究、文學史研究、翻譯、美術理論引進、基礎科學介紹和古籍校勘與研究等多個領域具有重大貢獻。
他對於五四運動以後的中國社會思想文化發展具有重大影響，蜚聲世界文壇，尤其在韓國、日本思想文化領域有極其重要的地位和影響，被譽為“二十世紀東亞文化地圖上占最大領土的作家”。