直到有壹天，主角突然醒來，發現前3街聖徒成員卡洛斯願意幫助主角越獄。
卡洛斯也在兩人順利脫困後向主角說明了整個城市的現狀。
第三街聖徒被其他三個幫派瓜分，群龍無首，而城市的行政控制權落入私人企業Ultor手中。
而Ultor的CEO是壹個非常聰明的人，把城市管理得相當好。
至於第三街聖徒，情況相當悲慘，朱利葉斯和德克斯下落不明。
約翰尼和主角壹樣身陷囹圄。
所以當主角自由了，第壹步就是救強尼。
招募前第三街聖徒的老成員。
除了老成員，主角還找到了三名新幹部，分別是之前幫助主角越獄的卡洛斯、肖恩迪和皮爾斯。
。皮爾斯和約翰尼壹樣，都是戰爭學院的成員。
。Shaundi了解毒品的運作。
。卡洛斯對交通很熟悉。
現在城市由浪人、薩梅迪之子和兄弟會控制，玩家可以自由決定先摧毀哪個勢力。
浪人(黃色):
浪人是日本黑幫(成員不壹定是日本人)。老大惡食本人在日本，留下兒子和得力幹將管理幫會。
浪人是壹個有組織的幫派(很像山口組)，擁有幾家高檔酒店和餐廳，與大企業聯系密切。
起初，主角和約翰尼決定從浪人賭場偷錢。皮爾斯計劃了很久，但主角和約翰尼決定積極突破。...
當然，憑借主角和約翰尼(遊戲中最強的兩個人)的瘋狂殺人能力，他們壹下子搶了很多錢，把錢運到了約翰尼和艾莎的住處。
得知賭場被搶的浪人，不願意平白輸錢。他派殺手趁主角和強尼不在的時候侵入屋內，綁了艾莎，打算秘密殺死主角和強尼。
結果，艾莎大聲警告約翰尼，他被羅寧的光頭黨殺手殺死了(應該是斬首)
主角和強尼救不了艾莎，還讓光頭殺手逃脫，強尼重傷住院。
主角發誓要為哥哥報仇，然後他進入了浪人的領地，那個拿著刀鋒的光頭浪人。
除了光頭殺手，下達命令的惡食之子約翰尼也決定殺了他。
沒想到，當約翰尼出院，舉行艾莎葬禮的時候，這個白眼小子為了向父親證明自己的價值，出現在主角和約翰尼面前。當然，結局很悲慘...(約翰尼把他扔進棺材，活埋了他)
隨著羅寧的失勢，與羅寧關系密切的奧特爾決定倒戈，轉而支持3街聖徒，CEO親自前來告知羅寧的信息。
最後在錯先生(主角的老朋友，中國的壹個老人，壹代刺客的雇主)舉辦的慶功會上，主角與惡姬正面交鋒，殺死了日本黑幫老大。...
薩梅迪的兒子們:
薩梅迪之子是壹個類似於非洲軍閥的歹徒。它由壹個自稱將軍的老板管理。他的追隨者信奉巫毒教，主要經營毒品市場。
主角最早是通過Shaundi的情報了解到這個團夥的運作和毒品交易，因為DJ老兵Child，壹個Samedi之子的幹部，曾經是Shaundi的男朋友(雖然Shaundi自己說她有好幾個男朋友)。
主角決定搶奪薩梅迪之子的所有毒品市場。
這個系列的劇情比較簡單，除了Shaundi被前男友DJ老兵小孩綁架去救她，大部分都是打架殺人，但是有兩代人的熟面孔(毒販夫妻檔)。
值得壹提的是，將軍的壹個手下可以使用巫毒魔法，而且殺不死他。後來主角幹脆壹刀把自己的頭砍了下來。...
兄弟會(紅色):
兄弟會就是幾個簡單的幫派，裏面充斥著喜歡殺人的暴力分子，老大Maero是個喜歡紋身的壯漢。
兄弟會的主要幹部是老大Maero和Maero的女朋友Jessica，還有紋身師和機械師(機械師是喜歡林的壹代唐尼...)
壹開始主角讓卡洛斯處理兄弟情，卡洛斯說Maero想和主角合作軍火生意。
但Maero要求五五分成，最後兩人合不來，反目成仇。
然後主角想到了壹個便宜的招數(真的很便宜)，就是把核廢料和Maero的紋身顏料混合在壹起，導致Maero的右臉被毀容。
但這壹舉動激怒了哥哥，尤其是Maero的女友Jessica為了報復主角殘忍地殺害了Carlos(這壹段令人震驚，Carlos壹開始就是幫助主角越獄的朋友，對主角和3街聖徒忠心耿耿，主角也曾說過很喜歡他，有壹天會提拔他)。
當主角看到卡洛斯的悲慘處境，卻無法救他時，最後只好按下打印機幫卡洛斯解圍。...
因為卡洛斯的死讓主角消沈了壹段時間，直到Shaundi碰巧遇到了傑西卡。
知道了傑西卡的位置，主角冷冷的上了車。到了傑西卡住的酒店後，他擺平了所有警衛，把傑西卡塞進了車後的後備箱，開車去了Maero的越野堵車場地。...
Maero和其他兄弟會喜歡參加越野吉普車比賽。那天Maero剛好來壓軸，英勇碾壓了壹排報廢車。
掌聲響起，主角出現在Maero面前。興高采烈的Maero說要和主角打架，把主角打死，主角卻冷冷的回答:“不，妳不要”他丟了壹把車鑰匙給Maero。
隨著主角的離去，Maero會找到被他殺死的女友的屍體。...
至此，兄弟情和3街聖徒成了苦戰，主角得知Maero將運壹批軍火。
他出發去兄弟會的專屬紋身師的演唱會(紋身師本人在壹個樂隊演奏)勒索信息，最後更殘忍的毀掉了壹個紋身師的手。...
絕望的Maero闖入Ultor的總部，威脅CEO幫忙護送軍火。沒想到奧拓的CEO搶軍火。
直到最後主角經過壹場血戰得到了Maero的武器，但他也發現了Ultor在策劃著什麽。
Maero在失去壹切的時候，要求主角在吉普越野賽場見面決鬥，最後被主角槍殺...當主角帶領3街聖徒成功消滅所有幫派後，奧拓的CEO決定出手。
原來，奧特爾計劃讓城裏最大的幫派消滅其他幫派，然後他壹舉消滅了最大的幫派。
這樣城市裏就不會有幫派了，奧拓的CEO認為幫派永遠打不過訓練有素的特種部隊。
奧特爾的CEO也開始下令暗殺第三街聖徒的所有幹部，包括主角約翰尼、皮爾斯和尚迪。
可惜，奧特爾低估了主角的實力。不僅暗殺失敗，主角和約翰尼還破壞了奧特爾，甚至為了報復還炸毀了奧特爾的壹座建築。
但Ultor的CEO老謀深算，反而利用主角殺死所有反對他的人(遊艇和商場)
只是對主角來說沒什麽區別，因為Ultor的人都是敵人，所以最後主角和Johnny順利掛上了Ultor的CEO...並正式宣布從現在開始這座城市將由第三街聖徒統治...主角來到警局，會意外聽到德克斯和特洛伊的對話磁帶。
主角已經知道特洛伊是臥底警察(約翰尼把約翰尼弄出監獄後告訴主角，電視也開著)。
錄音帶是主角在遊艇事件發生前的錄音。
德克斯知道特洛伊當時是臥底，但德克斯不打算告訴主角和約翰尼。
因為當時朱利葉斯被綁架了，德克斯已經打算離開3街聖徒，德克斯甚至說已經在奧特爾找到了工作。...
另壹盤磁帶是特洛伊和朱利葉斯之間的對話。特洛伊建議朱利葉斯像德克斯壹樣放棄黑幫生活。特洛伊承諾朱利葉斯不會因之前的罪行而被起訴。特洛伊也希望朱利葉斯能說服主角，朱利葉斯同意了。...
在最後壹盤磁帶上，我只聽到特洛伊大喊我要妳說服我，不要用炸彈！
主角聽到這裏，大概心理上就知道了，尤利烏斯真的是為了獲得穩定的退休生活而出賣主角，特洛伊也不希望主角死，這是由尤利烏斯自己決定的(至於他為什麽殺死市長，個人猜測是烏爾都為了接管城市而決定刺殺市長)。
後來在警局找到了德克斯的電話號碼，撥通後聽到了很久沒見的聲音。
德克斯說妳要知道朱利葉斯才是陷害妳的真兇，德克斯答應幫助主角找到朱利葉斯。
主角到達約定地點(壹代老教堂)時，發現壹個幹瘦的老人。乍壹看，他發現是朱利葉斯本人而不是德克斯。
此外，教堂本身也被奧特爾的軍隊包圍了。看來德克斯真的是在奧特爾工作，德克斯打算壹口氣幹掉主角和朱利葉斯。
結果主角和朱利葉斯沖破重圍，順利來到安全的地方。
朱利葉斯認為主角應該已經原諒他了。沒想到，壹轉身，主角壹槍打穿了朱利葉斯的腹部。
朱利葉斯痛心疾首地對主角說，我以為遊艇事件後妳能學到點什麽，以為主角應該離開黑幫生活，要不是朱利葉斯，主角早就死在無名大街上了。...
只是主角淡淡地告訴朱利葉斯，妳的時代結束了，開槍完成復仇。...