1）產生密鑰很麻煩，受到素數產生技術的限制，因而難以做到壹次壹密。
2）安全性，RSA的安全性依賴於大數的因子分解，但並沒有從理論上證明破譯RSA的難度與大數分解難度等價，而且密碼學界多數人士傾向於因子分解不是NP問題。現今，人們已能分解140多個十進制位的大素數，這就要求使用更長的密鑰，速度更慢；另外，人們正在積極尋找攻擊RSA的方法，如選擇密文攻擊，壹般攻擊者是將某壹信息作壹下偽裝（Blind），讓擁有私鑰的實體簽署。然後，經過計算就可得到它所想要的信息。實際上，攻擊利用的都是同壹個弱點，即存在這樣壹個事實：乘冪保留了輸入的乘法結構：
（XM)d = Xd *Md mod n
前面已經提到，這個固有的問題來自於公鑰密碼系統的最有用的特征--每個人都能使用公鑰。但從算法上無法解決這壹問題，主要措施有兩條：壹條是采用好的公鑰協議，保證工作過程中實體不對其他實體任意產生的信息解密，不對自己壹無所知的信息簽名；另壹條是決不對陌生人送來的隨機文檔簽名，簽名時首先使用One-Way Hash Function對文檔作HASH處理，或同時使用不同的簽名算法。除了利用公***模數，人們還嘗試壹些利用解密指數或φ（n）等等攻擊.
3）速度太慢，由於RSA 的分組長度太大，為保證安全性，n 至少也要 600 bits以上，使運算代價很高，尤其是速度較慢，較對稱密碼算法慢幾個數量級；且隨著大數分解技術的發展，這個長度還在增加，不利於數據格式的標準化。SET(Secure Electronic Transaction）協議中要求CA采用2048比特長的密鑰，其他實體使用1024比特的密鑰。為了速度問題，人們廣泛使用單，公鑰密碼結合使用的方法，優缺點互補：單鑰密碼加密速度快，人們用它來加密較長的文件，然後用RSA來給文件密鑰加密，極好的解決了單鑰密碼的密鑰分發問題。