001雲霄飛車殺人事件（組織）
044江戶川柯南誘拐事件(父母知道變小)
048~049外交官殺人事件(平次登場，第壹次恢復)
054電玩公司殺人事件（組織）
057，058福爾摩斯迷殺人事件(平次知道身份)
128黑衣組織10億元搶劫事件
129來自黑暗組織的女子大學教授殺人事件（組織）
170，171暗閣中的死角（新出登場）
176，177，178與黑暗組織的再會（組織）
188－－193危命的復活（新壹，蘭）
226，227格鬥遊戲的陷阱（朱蒂登場）
230，231謎壹樣的乘客（赤井登場）
258，259來自芝加哥的男子（詹姆斯登場）
269，270犯罪的紀念品（有提到警察局關於毛利的案卷被偷壹事）
271，272緊急隱藏的省略（朱蒂）
277，278英語教師VS關西偵探（朱蒂）
284~285中華街雨中的似曾相識
286，287，288工藤新壹NY事件（不用多說了吧）
307，308無聲的證據（組織相關，下壹集的引子）
309，310，311與黑色組織的接觸（組織）
335，336東都顯影所的秘密（有神秘人）
338，339 4輛保時捷（朱蒂和貝爾摩德假扮的新出發現哀）
340，341隱藏在廁所裏的秘密（更多關於哀父母的消息，找到明美藏起來的錄音帶）
343，344便利店的陷阱（最後壹段是小蘭發現朱蒂藏的照片，懷疑朱蒂）
345與黑衣組織直面對決滿月之夜的雙重迷案（不多說了）
346，347尋找P股上的印記（上集案件的掃尾，關於哀拒絕證人保護計劃的事）
385-387 斯特拉迪瓦裏小提琴的不xx音
425 黑色的沖擊！黑色組織魔爪伸來的瞬間(水無憐奈登場，小五郎受到懷疑，若不是秀壹就掛掉了)
429--430無法回到從前的兩個人(本堂)
462 黑衣組織的影子 年幼的目擊者
463 黑衣組織的影子 奇妙的照明
464 黑衣組織的影子 謎樣的高額報酬
465 黑衣組織的影子 珍珠的流星
466 堅不可摧的雪人（前篇）
467 堅不可摧的雪人（後篇）
484 黑色照片的行蹤（前篇）
485 黑色照片的行蹤（後篇）
491 紅與黑的碰撞 開端
492 紅與黑的碰撞 血緣
493 紅與黑的碰撞 疾呼
494 紅與黑的碰撞 冥土
495 紅與黑的碰撞 昏睡
496 紅與黑的碰撞 侵入
497 紅與黑的碰撞 覺醒
498 紅與黑的碰撞 擾亂
499 紅與黑的碰撞 偽裝
500 紅與黑的碰撞 遺言
501 紅與黑的碰撞 嫌疑
502 紅與黑的碰撞 潔白
503 紅與黑的碰撞 決死
504 紅與黑的碰撞 殉職
507 卡拉OK房間的死角（前篇）
508 卡拉OK房間的死角（後篇）
還有些集案件本身沒什麽，其間就壹兩句話和組織的事有點關系或者哀的話暗藏玄機
130--131競技場無差別脅迫事件(故事內容和主線情節無關，但灰原講的壹句話曾讓廣大柯南迷浮想聯翩：“工藤君，也許妳自己不知道，其實半個世紀前妳就在組織的計劃中了”。這究竟是怎麽壹回事？半個世紀前優作大概都沒出生呢！看來只有等青山來解釋了。)
222--224招致死亡的人魚傳說（人魚小島簽名冊有宮野誌保的名字）
242元太的災難（好像提到GIN是左撇子)
246--247網中的謎事件（哀和蘭握手）
253－-254本廳刑事戀愛物語(本身案件無意義，不表。有兩個值得註意的地方是，壹是小蘭在飯店裏看到赤井秀壹居然有似曾相識的感覺，二是柯南和新出合力扮演了高木警官，壹個出身材和動作，壹個出配音。望月以為，有可能就是從這集開始，柯南對新出的身份產生了懷疑。因為他註意到了新出超強的模仿能力。)
279--280迷宮的陰暗（這集哀說了很多話;主線情節只被帶到了壹點。博士應柯南的要求去克裏斯的網站上查過信息。發現她就是美國已故大明星莎隆.賓亞德的女兒。在母親的葬禮上，面對記者的追問，克裏斯曾神秘的回答道：A SECRET MAKES A WOMANWOMAN.另外，有希子也出現在了莎隆的葬禮中，但是她的帽檐壓的很低，所以美國的網站上顯示當時並沒有人認出有希子的身份，只是謠傳說日本的前人氣女明星也出席了葬禮。）
289--290迷惘森林中的光彥（上下集）（有提到哀對組織氣味已經不敏感了。和沼淵已壹郎是組織壹員的事。）
312--313染上夕陽的布偶（哀說了關於夕陽的話）
329-－330金錢買不到的友情(本集中提到了灰原的父親：宮野厚司。原來他是化學領域非常有名的科學家，被稱為“被科學界放逐的瘋狂科學家”，待人和氣有禮，並且是阿笠博士的舊識