已認證通過的發票，不可以取消認證。由於現在的認證系統是實時上傳，認證數據在認證的同時已經上傳到全國的數據中心，只要認證通過，稅務系統就自動記錄下稅額，不可撤銷。如果該項發票不能抵扣的，企業可以做進項稅額轉出進行處理。
進項稅發票認證是無法撤消的，因為是直接上傳到國稅服務器比對，但是可以申請對方開具紅字發票；
壹、完成認證後開具紅字發票，可以分兩種情況進行處理：
1、如果申請開具紅字發票時企業已經申報抵扣了進項稅額，企業應直接進行進項稅額轉出。
2、如果申請開具紅字發票時企業未申報抵扣進項稅額，企業應先申報抵扣進項稅額並同時轉出。
二、收到紅字發票時的處理
《國家稅務總局關於修訂增值稅專用發票使用規定的補充通知》（國稅發〔2007〕18號）規定，紅字專用發票暫不報送稅務機關認證。
根據國家稅務總局公告2014年第73號規定，對於認證結果為“認證相符”的，購買方在填開《信息表》時不填寫相對應的藍字專用發票信息，但必須進行進項抵扣並做轉出處理。
所以，此種情況下，企業在收到紅字發票時無需進行認證（否則因為紅字發票以負數開具會造成重復轉出），只需將紅字發票與留存的《信息表》壹並作為進項轉出的會計憑證。
法律依據：
《中華人民***和國增值稅暫行條例實施細則》
第十壹條 小規模納稅人以外的納稅人（以下稱壹般納稅人）因銷售貨物退回或者折讓而退還給購買方的增值稅額，應從發生銷售貨物退回或者折讓當期的銷項稅額中扣減；因購進貨物退出或者折讓而收回的增值稅額，應從發生購進貨物退出或者折讓當期的進項稅額中扣減。
壹般納稅人銷售貨物或者應稅勞務，開具增值稅專用發票後，發生銷售貨物退回或者折讓、開票有誤等情形，應按國家稅務總局的規定開具紅字增值稅專用發票。未按規定開具紅字增值稅專用發票的，增值稅額不得從銷項稅額中扣減。