北洋政府海軍1917年7月，北洋政府內閣改組，任劉冠雄為海軍總長，饒懷文為海軍總司令。將留北洋的艦艇重新編組為第1、第2艦隊和練習艦隊，主要活動於長江中、下遊和福建海面。12月改海軍總司令處為海軍總司令公署。1918年1月，在福州船政局內組建海軍飛機工程處，後改名海軍飛機制造處；4月，改藝術學校為海軍飛潛學校。1919年制成第壹架水上飛機（至1937年***制成各種飛機20余架）。1919年7月，海軍部在哈爾濱設吉黑江防籌備處。次年5月，該處改為吉黑江防公署，並以“江亨”等8艘艦艇組成吉黑江防艦隊。1922年4月，吉黑江防艦隊改歸奉天省節制。第壹次直奉戰爭中，海軍助直反奉。1923年6月，海軍陸戰隊在福建擴編為暫編海軍陸戰隊第1混成旅。1924年3月，由粵北上之“海圻”等艦艇編為渤海艦隊。同年，廈門船塢移歸海軍部管轄。1927年3月，海軍總司令楊樹莊率第1、第2艦隊和練習艦隊宣布脫離北洋政府，加入國民革命軍。不久，渤海艦隊為奉軍吞並。至此，北洋政府海軍瓦解。 廣州革命政府海軍1917年9月，中華民國軍政府在廣州成立，程璧光任海軍總長，林葆懌任海軍總司令。將南下各艦編為護法艦隊，原廣東艦艇編為江防艦隊，由江防司令部管轄。1918年7月，總裁制軍政府成立，林葆懌任政務總裁、海軍部長兼海軍總司令。1920年11月，孫中山重組軍政府，任湯廷光為海軍部長。任林永漠為艦隊司令兼署理海軍總司令。1921年5月，中華民國政府在廣州成立，仍任湯為海軍部長。1922年4月，海軍閩、魯兩派矛盾激化，部分艦艇策劃北歸，非常大總統孫中山遂下令收回在粵海軍軍艦，任溫樹德為海軍總司令、陳策為江防司令。6月，陳炯明叛變，海軍被陳控制。1923年3月，陸海軍大元帥大本營在廣州成立，任陳策為海防司令、楊廷培為江防司令、溫樹德為艦隊司令。12月，溫被北洋政府收買，率“海圻”等6艦由汕頭駛往青島。1924年5月，大本營將留粵的“飛鷹”等艦編為練習艦隊，潘文治任司令，歸粵軍總司令節制。1925年7月，國民政府在廣州成立，軍事委員會設海軍局。1927年3月，北洋政府海軍總司令楊樹莊率部參加國民革命，被任為國民革命軍海軍總司令。隨即指揮所部配合北伐軍攻占淞滬、南京，後又在吳淞至山東沿海與渤海艦隊多次作戰。9月，成立魚雷遊擊隊。至此，國民政府海軍轄4個艦隊，***有艦艇44艘，總排水量3萬余噸。1928年2月，海軍陸戰隊成立第2混成旅，並正式組建陸戰隊司令部。旋又將2個混成旅縮編為2個獨立旅。12月，軍政部設海軍署。
東北海軍第次直奉戰爭中奉軍敗北後，張作霖於1922年8月在東三省保安總司令部設航警處，管轄吉黑江防艦隊，籌建海防艦隊。1923年1月，在葫蘆島創辦航警學校。1924年東北海防艦隊成立，轄“鎮海”等4艘艦艇，以營口為基地；設江海防總指揮部於奉天（今沈陽），沈鴻烈兼總指揮。1926年1月，東北江海防總指揮部改組為東北海軍司令部，沈鴻烈任司令。1926年11月起東北海軍司令部陸續接管渤海艦隊。1927年6月，改稱東北海軍總司令部，張作霖兼海軍總司令，沈鴻烈任副司令兼代總司令，將江防、海防、渤海三艦隊合並為東北聯合艦隊。張作霖旋組織安國軍政府，任張宗昌為海軍總司令，將東北聯合艦隊改編為第1、第2艦隊和吉黑江防艦隊。1928年7月，張學良任東北保安總司令兼海軍總司令，將安國軍各艦隊改稱東北海防第1、第2艦隊和江防艦隊，轄“海圻”等26艘艦艇，總排水量近2萬噸。
1929～1949年的海軍1929年4月，國民政府將軍政部海軍署擴充為海軍部，楊樹莊任部長，陳紹寬任政務次長代理部務。直轄第1、第2艦隊、練習艦隊、魚雷遊擊隊和測量隊、巡防隊、航空隊，***有艦艇50艘左右，總排水量近3.5萬噸。東北海防第1、第2艦隊編為第3艦隊（未實行，至1933年7月5日方正式納入海軍編制序列，改稱第3艦隊），仍隸屬東北邊防軍司令長官部。北伐時留粵的艦艇編為第4艦隊，歸廣東省政府管轄。7月，發生中東路事件，東北江防艦隊被蘇聯黑龍江艦隊擊毀艦艇5艘，自沈艦艇2艘，江防艦隊基本覆沒。海軍部繼1927年在上海設立海軍航空處後，1923年6月又籌設廈門海軍航空處。1933年兩處合並於廈門稱海軍航空處，負責海軍航空飛行訓練，監督、指揮所屬航空隊、航空工廠及航空教育機構。同期，海軍部著力於整頓：調整組織，統壹編制；頒布各種條令、條例，完善法規；裁汰、建造、改裝艦艇（1912～1937年，***建造排水量2600噸級平海巡洋艦以下各型艦艇51艘，改裝12艘）；加強海軍學校，除馬尾、青島、黃埔3個主要海軍學校外，又於1932年在江蘇鎮江開辦電雷學校。至1937年海軍***有各型艦艇120余艘，總排水量約6.8萬噸。 “七七”盧溝橋抗戰爆發後，海軍在敵強我弱的形勢下，無力在海上拒敵。為阻敵溯江西進，先後在上海、江陰、馬當等地港口和水道構成多道阻塞線（見江陰阻塞作戰），並在珠江、閩江和青島、劉公島等港口、水道沈船堵塞，以遲滯日艦進攻。1938年1月，裁撤海軍部，成立海軍總司令部，隸屬軍事委員會，陳紹寬任總司令，保留第1、第2艦隊番號；建立海軍炮隊、海軍特務隊和海軍雷隊。武漢、廣州、宜昌淪陷後，沿海港口及長江中、下遊均被日軍侵占，海軍所剩10余艘小型艦艇後撤川江。至此，海軍已無力作戰。