1）消費者利用自己的PC機通過因特網選定所要購買的物品，並在計算機上輸入訂貨單、訂貨單上需包括在線商店、購買物品名稱及數量、交貨時間及地點等相關信息。
2）通過電子商務服務器與有關在線商店聯系，在線商店作出應答，告訴消費者所填訂貨單的貨物單價、應付款數、交貨方式等信息是否準確，是否有變化。
3）消費者選擇付款方式，確認訂單簽發付款指令。此時SET開始介入。
4）在SET中，消費者必須對訂單和付款指令進行數字簽名，同時利用雙重簽名技術保證商家看不到消費者的帳號信息。
5）在線商店接受訂單後，向消費者所在銀行請求支付認可。信息通過支付網關到收單銀行，再到電子貨幣發行公司確認。批準交易後，返回確認信息給在線商店。
6）在線商店發送訂單確認信息給消費者。消費者端軟件可記錄交易日誌，以備將來查詢。
7）在線商店發送貨物或提供服務並通知收單銀行將錢從消費者的帳號轉移到商店帳號，或通知發卡銀行請求支付。在認證操作和支付操作中間壹般會有壹個時間間隔，例如，在每天的下班前請求銀行結壹天的帳。
前兩步與SET無關，從第三步開始SET起作用，壹直到第六步，在處理過程中通信協議、請求信息的格式、數據類型的定義等SET都有明確的規定。在操作的每壹步，消費者、在線商店、支付網關都通過CA（認證中心）來驗證通信主體的身份，以確保通信的對方不是冒名頂替，所以，也可以簡單地認為SET規格充分發揮了認證中心的作用，以維護在任何開放網絡上的電子商務參與者所提供信息的真實性和保密性。