壹:案例選擇環節
稅務稽查局選案科對稅務稽查對象進行篩選，包括人工選案、電腦選案、申報、其他等等。選擇完成後，經稽查局局長批準，將擬進行稅務檢查的企業名單送稽查局檢查。
稅務稽查局要統籌安排檢查，嚴格控制對納稅人和扣繳義務人的檢查次數，不得對企業進行過多、過頻的檢查。
第二:檢查環節
稽查科根據案件選擇科的企業名單，組織稽查人員進行稅務檢查，采用必要的檢查方法和手段，收集案件的證人證言和書面證據，整理制作稅務檢查報告，然後將案件移送稅務稽查局審判科。
稅務檢查前應告知企業檢查時間、需準備的材料等。檢查應當由兩名以上具有執法資格的檢查人員進行，並向被檢查對象出示稅務檢查證，出示或者送達稅務檢查通知書。
采取調取賬冊、實地查看、詢問、查詢存款賬戶、非現場調查等方式。對企業財務信息進行稅務檢查，尋找企業少繳稅款和遲繳稅款的線索，但多繳稅款不屬於稅務檢查範圍。
檢查部門收集帳簿、會計憑證、報表及其他有關資料時，應向企業發出《收集帳簿、資料通知書》，並填寫《收集帳簿、資料清單》交企業核對簽字確認。
稅務檢查部門的詢問應當由兩名以上檢查人員進行。除在被調查對象的生產、經營、辦公場所進行詢問外，詢問通知書應當送達被詢問人。企業各方可以書面或口頭方式陳述或提供證據。當事人口頭作證時，檢查人員應當以筆錄、錄音錄像等形式予以記錄。制作筆錄的，當事人應當逐頁簽名、按手印。
當事方和證人可以書面或口頭方式陳述或提供證詞。當事人或者證人進行口頭陳述或者提供證言的，檢查人員應當以筆錄、錄音、錄像等形式進行記錄。筆錄可以手寫或者電腦打印，由當事人或者證人逐頁簽名、按手印。制作錄音錄像等視聽資料的，應當註明制作方法、制作時間、制作人和證明對象。
案件事實有電子數據內容證明的，檢查人員可以要求當事人將電子數據打印成紙質材料，並在紙質材料上註明數據來源、打印地點、打印時間或者提供時間，註明“與電子數據核對無誤”，由當事人簽名。
稅務檢查人員進行現場調查取證時，應當制作現場筆錄，記錄實際調查的時間、地點和事件，並記錄現場調查取證情況，由檢查人員簽名，當事人簽字。督察人員也可異地調查取證，或發函委托相關稽查局調查取證。
如果稅務稽查部門發現企業有明顯轉移或者隱匿其應稅財產的行為，恐怕在作出正式納稅決定後，企業已無財產納稅，可以責成企業提供納稅擔保。不能提供的，經縣級以上稅務局局長批準，可以采取查封或者扣押企業財產的稅收強制措施。
稅務檢查結束前，檢查人員可以向被檢查對象告知發現的稅收違法行為的事實和依據。被調查對象對違法事實和依據有異議的，應當在期限內提供說明和證據材料。被檢查對象口頭說明的，檢查人員應當制作筆錄，由當事人簽名。
三:審判環節
稅務檢查後，審判科審理案件，根據檢查員的初步意見作出最終決定，並形成結論性文件。涉及金額較大的，提交稅務局重大稅收案件審判委員會審理。
案件審理的主要內容包括:稅收違法事實是否清楚，證據是否充分，數據是否準確，資料是否完整；適用的法律法規是否適當，性質是否正確；案件審理過程是否符合法定程序，是否存在超越或者濫用職權的情況；稅務處理和處罰建議是否適當。
審理中，應當要求檢驗部門對違規的檢驗數據進行更正或者補充調查。
企業或者當事人擬作出稅務行政處罰的，應當向其送達稅務行政處罰通知書，告知其依法享有陳述、申辯和要求聽證的權利。
被調查對象或者其他涉稅當事人可以書面或者口頭方式進行陳述和申辯。當事人口頭陳述或者申辯的，應當制作陳述和申辯筆錄，由陳述和申辯人如實記錄並簽名。
四:實施環節
稅務執法部門應當將稅務處理決定送達當事人，要求其補繳稅款。稅款執行完畢後，形成執行報告，繳款憑證復印件等材料交檔案管理部門保管。
對不按期繳納稅款的納稅人，經縣級以上稅務局局長批準，應依法簽署或申請人民法院強制執行。當事人確有經濟困難的，可以延期或者分期繳納罰款。
法律依據
中華人民共和國稅收征收管理法
第四條依照法律、行政法規負有納稅義務的單位和個人為納稅人。
法律、行政法規規定有代扣代繳稅款義務的單位和個人為扣繳義務人。
納稅人、扣繳義務人必須依照法律、行政法規的規定納稅、代扣代繳、代收代繳稅款。