依法登記是農民專業合作社開展生產經營活動、獲得法律保護的重要依據。根據《農民專業合作社法》第十三條，設立農民專業合作社，應當向工商行政管理部門提交有關文件，申請設立登記。
根據《農民專業合作社法》第十三條規定，農民專業合作社的發起人申請設立登記時，應當向登記機關提交下列文件: (壹)登記申請書；(二)全體發起人簽名蓋章的創立大會會議記錄；(三)全體發起人簽名蓋章的章程；(四)法定代表人、辦公室主任證件和身份證明；(五)出資人簽名蓋章的出資清單；(六)住所使用證明；(七)法律、行政法規規定的其他文件。需要特別註意的是，農民專業合作社向登記機關提交的出資清單，只需出資成員簽字蓋章即可，不需要其他機構的驗資證明。
申請登記的文件是農民專業合作社合法存在的證明，也是成員資格和權利有效存在的重要證明，其真實性是保障社會交易安全的必然要求。《農民專業合作社法》第五十五條規定，農民專業合作社向登記機關提供虛假登記材料或者以其他欺騙手段取得登記的，由登記機關責令改正；情節嚴重的，取消註冊。
註冊程序包括申請、審核、批準和發布、公告等幾個階段。《農民專業合作社法》第十三條規定，農民專業合作社的登記辦法由國務院規定，並明確登記不得收取費用。根據執法同步生效的要求，農民專業合作社登記辦法也將於2007年7月1日與農民專業合作社法同步實施。
為保證登記事項及時有效，維護農民專業合作社及其交易對手的合法權益，穩定社會交易環境，《農民專業合作社法》明確規定，農民專業合作社法定登記事項發生變化的，應當申請變更登記。法定登記事項變更主要是指:經成員大會法定人數表決通過，修改章程；成員及其出資發生變化；法定代表人和董事發生變更；農民專業合作社的住所發生變更的；以及法律法規規定的其他情形發生變化的。這些登記事項對農民專業合作社的存在和運行影響很大，直接影響交易活動的正常開展和交易對方的合法權益。農民專業合作社未按照有關登記辦法和規定辦理變更登記的，必須承擔由此產生的法律後果。除法定變更外，合作社可以根據自身發展需要和情況變更相關登記事項，以保證自身正常發展，維護交易對方的知情權。
《農民專業合作社法》明確限定了登記機關受理登記後的時間，即登記機關應當自受理登記申請之日起20日內完成登記。這裏的登記申請包括設立登記、變更登記和註銷登記，即從登記機關受理登記申請之日起計算，所有登記工作應在20個工作日內完成。