專使到達北京之日，全城遍懸五色國旗。主要路口均搭起了彩牌樓，並大開中華門，請專使由中門而入。中華門是清代的“大清門”，平時關閉著中門，只有皇帝出入時才大開中門。袁世凱“開中門迎客”，可謂給專使以極高的禮遇。在歡迎專使的宴會上，袁世凱“誠懇”地表示：“壹俟北京局勢穩定，立即南下就職”。可是，二月二十九日晚六時，北京就發生了“兵變”。兵變的結果是商民遭搶劫者四千余家，京奉、京漢鐵路局，大清、交通、直隸三銀行以及制幣廠亦遭劫掠，損失白銀九百多萬兩。專使住所被洗劫壹空，蔡元培等人避入東交民巷內的六國飯店，僅以身免。帝國主義國家駐華公使根據辛醜條約，紛紛調集軍隊進入北京保護使館的“安全”，北京的政局大有內憂外患雙臨並至之勢。於是商界人士籲請袁世凱“萬勿南下”，北洋將領通電全國主張“大總統在北京就職”。在這種情況下，南京方面被迫讓步，同意袁世凱於三月十日在北京就任臨時大總統。
29日晚8時，北洋陸軍第三鎮以索餉為名發動了兵變 。叛亂部隊打到專使團的住所，蔡元培等人在表明身份無效後逃出，避入東交民巷內的六國飯店。下半夜西城、北城也發生騷亂，土匪和部分巡警加入搶劫。當晚袁世凱親信並未阻止兵變，陸建章的執法處並無幹預，掌管警政的趙秉鈞當晚傳令全城巡警壹律撤崗。
各國駐華公使根據《辛醜條約》，紛紛調集軍隊進入北京保護使館的安全，並威脅袁世凱如不盡快穩定局勢就調集更多的兵力進入北京。兵變也蔓延到了保定和天津地區。
據唐紹儀回憶，蔡元培專使團當時在沒有辦法的情況下找他與袁世凱商討。他到了袁世凱家，正好北洋軍第三鎮師長曹錕前來報告稱“報告大總統，昨夜奉大總統密令，兵變之事，已辦到矣。”袁世凱說：“胡說，滾出去！”唐紹儀的個人回憶是唯壹的孤證，從而遭到質疑，南京國民政府軍令部長的徐永昌在回憶錄中稱“正月十二第三鎮在北京兵變，初非袁世凱所主使，有些人委稱系袁世凱指使，以抗議南方代表要求遷都南京者，實乃誣傳。”
事後統計，京奉、京漢鐵路局，大清、交通、直隸三銀行以及制幣廠遭劫掠，商民遭搶劫者四千余家。