藻類培養首先要有藻種。從天然水域的混雜生物群中，用壹定方法把所需藻類個體分離出來，而獲純種培養。這種方法稱為藻種分離和純化，又稱純培養法。
改變培養基條件也有助於菌種分離。如為了得到嗜熱微生物，可以在50℃~60℃下對微生物進行培養。有時投加相應的抑制劑也能提高菌種分離效果。
如在土壤樣品的懸浮液中投加10%的苯酚數滴，可以抑制黴菌和細菌的生長，而有利於放線菌的分離。在培養基中投加壹定量的青黴素或鏈黴素能抑制細菌的生長，而有利於黴菌的分離。
培養基與菌種分離是指從含有多種微生物的樣品中獲得純種微生物的操作技術。菌種分離主要在培養皿上進行，常用的方法是稀釋法和劃線法。使用這兩種方法的目的是是微生物的壹個個體通過繁殖，在固體培養基上長出肉眼能見的群體。
然後根據培養特征，用接種針調取所需菌種並在顯微鏡下檢查，證明為單壹形狀的菌體。常用的培養基是選擇培養基。如分離分解纖維素的微生物用的培養基是以纖維素為碳源的培養基，因為從這種培養基上長出來的只能是分解纖維素的微生物。