但因增資過程中，涉及增資擴股協議（股權投資協議）、股東會決議、董事會決議、章程變更、工商登記變更等等問題，往往引發增資的第三人股東資格確認糾紛。
實務案例
2005年1月，賀先生與壹房地產公司簽署《增資擴股協議書》，約定賀先生對房地產公司增資1000萬元，取得公司50%股權，擔任公司的法定代表人和總經理。房地產公司原註冊資本1000萬元，原股東張嶽王趙四人，每人擁有股權從25%變更為12.5%。《增資擴股協議書》上公司加蓋了公章，但只有張姓原股東簽字。變更後的公司章程上加蓋了公司公章，股東會決議上嶽姓和王姓股東的簽名為本人所簽，張姓股東和趙姓股東簽名不是本人所簽。
賀先生依約註資1000萬元後，公司辦理了法定代表人的工商變更登記，但未辦理註冊資本、股東股權和公司章程的工商變更登記。增資後，賀先生作為公司總經理參與公司經營，但2005年11月，原股東未通知賀先生召開股東會決議，罷免了賀先生的法定代表人，解除賀先生公司總經理職務。
2005年12月，賀先生對房地產公司提起訴訟，請求：確認股東身份，擁有50%股權；房地產公司辦理增加註冊資本、股權變更的工商登記手續。房地產公司稱收取賀先生的1000萬元性質為借款，公司增加註冊資本未經代表公司2/3以上股權的股東同意，為無效增資，原告不具備公司股東身份。
法院判決
法院生效判決確認了原告賀先生的股東身份和50%股權比例，要求房地產公司於判決生效10日內向工商行政管理機關申請辦理工商變更登記。
基本理由如下：
1、《增資擴股協議書》系雙方真實意思表示，合法有效；
2、被告接受了原告的1000萬元的增資；
3、被告在記載原告為公司股東的章程上加蓋了公章，確認了原告的股東身份；
4、在《增資擴股協議書》和變更的公司章程上簽字的股東所持股權超出公司2/3股權，確認了公司增資擴股和原告的股東身份。
5、工商行政管理部門對股東的變更登記是對已發生變更事實的確認，並無創設股東資格的效力。
律師解析
有限責任公司股東資格的確認涉及實際出資數額、增資擴股協議（股權轉讓協議）、公司章程、股東名冊、出資證明、工商登記等，確認股東資格應當綜合考慮各種因素。
焦點之壹：當工商登記與公司章程的記載不壹致時，以何標準來確認股東資格？
根據《公司法》的規定，公司股東應當具備以下實質特征和形式特征：
1、在公司章程上記載為股東，並在公司章程上簽字；
2、履行了公司章程上承諾的出資義務；
3、在工商行政管理部門備案的公司文件中記載為股東；
4、擁有公司簽發的出資證明；
5、公司股東名冊中記載為股東；
6、享有並行使股東權利。
在上述股東特征中，公司章程作為股東之間的協議，公司章程中記載為股東並且在章程中簽字，表明具有成為股東的真實意思表示，對股東資格的確認具有決定性意義。因此，只要沒有依據足以推翻簽署公司章程的股東具有成為股東的意思表示，則應當認定其具有股東資格。工商行政管理部門對股東的變更登記是對股東變更事實的確認，並沒有創設股東資格的效力，當工商登記與公司章程的記載發生沖突時，公司章程的記載效力優先。另外，實際出資是股東對公司的重要義務之壹，但並不是取得股東資格的決定性條件，不應僅憑未出資而否認其股東資格。
焦點之二：股東會決議存在瑕疵，對股東資格確認的影響如何？
本案中《股東會決議》有擁有壹半股權的原股東簽字，《增效擴股協議》上亦有另1/4股權的股東簽字，簽字股東均對增效擴股的事實予以認可，《股東會決議》存在的瑕疵不影響公司與第三人簽訂的《增效擴股協議》的效力，不能否定原告的股東資格。
至於在《股東會決議》、《增資擴股協議》和《公司章程》上均未簽字的另壹股東的優先認繳出資權受到侵犯，亦不影響原告股東資格的確認，但會影響原告的股權比例。原股東的優先認繳出資權對增資擴股協議效力的影響、優先認繳出資權可否得以行使及行使條件另文探討。
焦點之三：增資擴股行為的法律關系及法律適用
有限責任公司增效擴股前，欲通過增資成為股東的原股東以外的第三人尚不是股東，因此，增效擴股行為存在兩種法律關系。
壹是公司增加註冊資本的公司內部法律關系，適用公司法和公司章程的規定。
二是公司與第三人繳納增資的公司外部法律關系，適用合同法的規定。