司法鑒定合法性原則是指司法鑒定活動必須嚴格遵守國家法律法規的規定。是判斷鑒定過程和結果是否合法，鑒定結論是否具有證據效力的前提。
這壹原則主要體現在立法和鑒定過程中:鑒定主體合法；身份證明材料合法；評估程序合法；鑒定步驟、方法和標準；鑒定結果合法性的五個方面。
1.司法鑒定機構必須是依據法律、法規和部門規章的規定取得執行司法鑒定權的法定鑒定機構，或者是按規定程序委托的特定鑒定機構。司法鑒定人必須是符合規定條件，取得司法鑒定人職業資格執業許可證的自然人。
2.司法鑒定材料主要是指鑒定的對象和要比對的樣本(樣品)。鑒定的對象必須是法律規定的案件中的專門問題，法律沒有規定的專門問題不能作為司法鑒定的對象。
比如，目前我國司法心理測量(俗稱測謊)、氣味鑒定(警犬鑒定)都沒有作為法定的鑒定對象，其鑒定結論不能作為證據使用。而且，鑒定材料的來源(包括提取、保存、運輸、監管等。)必須符合相關法律法規的要求。
3.司法鑒定的提交、決定和委托、受理、實施、補充鑒定、重新鑒定、專家鑒定等環節的鑒定程序的合法性，必須符合訴訟法及其他有關法律、法規和部門規章的規定。
4.鑒定的步驟和方法應當依法確認有效，鑒定標準應當符合國家法定標準或者部門(行業)標準。
5、鑒定結果的合法性，主要為司法鑒定文書的合法性。鑒定文書必須具有法律規定的文書格式和必要內容，鑒定結論必須符合證據要求和法律規範。
擴展數據司法鑒定管理系統
2005年2月，NPC常委會通過了《NPC常委會關於司法鑒定管理的決定》，規定國家對從事下列司法鑒定業務的鑒定人和鑒定機構實行註冊管理制度:
法醫鑒定；
(二)物證的鑒定；
(3)視聽資料的鑒定；
(四)根據訴訟需要由國務院司法行政部門、最高人民法院、最高人民檢察院確定的其他應當實行鑒定人和鑒定機構註冊管理的事項。
法律對前款規定事項中的鑒定人和鑒定機構的管理另有規定的，從其規定。"
“國務院司法行政部門主管全國鑒定人和鑒定機構的登記管理工作。省級人民政府司法行政部門按照本決定的規定，負責鑒定人和鑒定機構的登記、名冊編制和公告工作。”
鑒定通常包括:法醫鑒定，即對屍體、人、分泌物、排泄物、胃內容物、毛發等進行鑒別和判斷的活動。與案件有關的；司法精神醫學鑒定，即鑒定和判斷壹個人是否患有精神疾病，是否具有刑事責任能力的活動；刑事技術鑒定，即辨認和判斷指紋、腳印、筆跡、彈痕的活動；
會計鑒定，即對帳目、清單、文件、發票、支票等書面材料進行鑒別和判斷的活動；技術問題鑒定是指對涉及工業、交通、建築等領域的科學技術進行鑒定和判斷的活動。
在司法鑒定中，人身傷害的法醫臨床鑒定和犯罪嫌疑人是否患有精神疾病的法醫精神病鑒定是兩種常見的鑒定。
2018年9月，司法部、國家市場監督管理總局聯合發布《關於規範和推進司法鑒定認證認可工作的通知》，規定到2019年底，從事法醫物證、法醫毒物、微量物證、環境損害鑒定的司法鑒定機構必須擁有認可的檢測實驗室。
參考資料:
百度百科-司法鑒定