對農村房屋確權有爭議的，由當事人協商解決;協商不成的，由人民政府處理。對處理結果有異議的。可以向法院起訴。
《中華人民***和國土地管理法》
第十四條 土地所有權和使用權爭議，由當事人協商解決;協商不成的，由人民政府處理。
單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理;個人之間、個人與單位之間的爭議，由鄉級人民政府或者縣級以上人民政府處理。
當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內，向人民法院起訴。
在土地所有權和使用權爭議解決前，任何壹方不得改變土地利用現狀。
二、農村房屋確權登記的流程是怎樣的
加強農村集體土地確權登記工作，有助於農村集體土地的合理優化及分配，進而為農民增收增益奠定夯實的基礎。
1、申報
凡是擁有宅基地的土地使用權人，須領取由土地部門統壹印發的《農村宅基地使用權申報登記表》，以戶為單元，每宗宅基地填寫壹份。村民使用的宅基地，必須提交由經濟社、村委會二級經濟組織及鎮政府出具的土地權屬來源證明。然後由調查組負責收集申報材料上交土地管理部門對權屬進行審核。
2、權屬調查
國土部門根據土地使用權人的申請，對宅基地範圍、界線、界址、權屬性質、用途等情況進行實地調查、記錄並經相鄰各方認定，填寫宅基地地籍調查表，繪制宗地草圖，為地籍測量作準備。在宅基地調查過程中，本宗地使用者和相鄰地使用者應按通知規定時間內到場***同指界，對雙方***同確認的用地界線和界址點進行簽名、蓋章，如不能參加指界的，應書面委托代理人出面指界。
3、審核與公告
經土地行政主管部門審核，對認為符合登記要求的宗地進行公告，公告內容主要包括土地使用者的名稱、地址、準予登記的土地權屬性質、面積、坐落、四至範圍等。
4、審批
公告期滿，土地權利者及其他土地權益有關者對土地登記審核結果未提出異議的，在農村宅基地使用權登記審批表上簽署同意登記發證的意見，由市(縣)人民政府領導簽章，並加蓋市(縣)人民政府土地登記專用章。
5、登記註冊
根據農村宅基地登記審批表結果，以宗地(宅基地)為單位逐項填寫土地(宅基地)登記卡、土地(宅基地)歸戶卡及土地證書，並由登記人員和土地行政主管部門主管領導分別在兩卡上簽字。