崔浩出身北方高門士族，和範陽高門盧玄是表兄弟。連姻皆士族。他的七世祖崔林，三國曹魏時官拜司空，封安陽鄉侯。曾祖崔悅，為後趙石虎的司徒右長史。祖父崔潛，為後燕黃門侍郎。其父崔宏，號稱冀州神童，北魏初累官至吏部尚書、大人，賜爵白馬公。而崔浩比他父親更有才華，少好文學，博覽經史，玄象陰陽，百家之言，無不涉及，精研經義，時人沒有趕得上他的。未成年就為直郎。
天興年間，任給事秘書，轉任著作郎。拓跋珪因他工於書法，讓他經常跟隨左右。拓跋珪晚年，威嚴頗峻，宮省左右官員多因小小過失而被治罪，大家無不逃避，以躲避眼下之災，崔浩獨自恭勤不怠，有時終日不歸。拓跋珪知道了，就叫人給他送去禦粥。崔浩的忠心耿耿，勤於職守，不為窮通改節，大多像這類情況。
公元409年（永興元年），拓跋珪被其子拓跋紹殺死，明元帝拓跋嗣初即位，拜崔浩為博士祭酒，賜爵武城子，常為明元帝講授經書。每當去郊外祭祀天地，崔氏父子都乘坐軒軺車，時人羨慕不已。
拓跋嗣好陰陽術數，公元414年（神瑞元年）時，聽了崔浩講《易經》、《洪範·五行傳》，非常贊詡。命崔浩占蔔吉兇，參考天文，解決疑惑問題。崔浩把天道與人事結合起來，加以綜合考察，舉其大要，用來占蔔各種災祥變異，多有應驗。這時，後宮有兔子出沒，查問門衛，兔子根本無法進來。拓跋嗣覺得很奇怪，命崔浩推測其是否是不祥征兆。崔浩認為當有鄰國進貢嬪妃，是好兆。第二年，姚興果然進獻女子。 公元415年（神瑞二年），魏國首都平城（今山西大同市）連年霜旱，秋谷歉收，發生糧荒。雲中、代郡很多百姓餓死。九月，太史令王亮、蘇坦對明元帝說：“平城連年霜旱，有人觀天象說，必有大難，我們不如把國都從平城遷至鄴城（今河北省臨漳縣）。”
拓跋嗣向群臣咨詢意見，崔浩和特進周淡對明元帝說：“以臣之見，國家遷都於鄴，雖可暫時解救今秋之饑，但並非長久之策。東州（太行山以東各州）之人，壹向認為魏國地大物博，人口、牲畜眾多。現在如果遷都，東部各州分配不了多少人，而且讓鮮卑人和漢人雜居各地，處於荒野山林之中，水土不服，疾病流行，會使人們意誌沮喪。四方人士知道了真實情況，也易產生蔑視和欺侮鮮卑族人的念頭。同時，北方的柔然等部族也會乘機而入。那時，雲中、平城就有淪為敵手之患，那時想回師援救，因中隔恒山代土，恐怕也來不及。如果暫不遷都，即使山東發生變亂，也可輕騎南出，耀武揚威，人們不知虛實，必然望塵畏服。這正是國家威制中原的長遠方略。再說，到明春牧草生發、乳酪充足，兼有蘋果，足以接濟來秋。如果再有壹個好的夏收，形勢就可變好了。“
拓跋嗣聽了這壹番高論，覺得很有道理，可又很不放心地問崔浩：“假如挨不到來秋，或者來秋莊稼不熟，將又如何是好？”崔浩獻計說：“陛下可以把那些最窮的民戶，下到各州去就食，如果來秋仍然莊稼歉收，就再想別的辦法。但切切不可遷都！”
拓跋嗣聽從了崔浩的勸告，於是挑選了壹批最窮困的民戶，下到各州去就食，即山東定、相、冀三州，令漢民每戶出租米50石來養活這些窮戶。明元帝納其言，於是挑選部分貧困戶分赴定、相、冀三州就食，由當地開倉賑恤。第二年秋天，收成很好，百姓富足，人心安定，國家度過了難關。明元帝很高興，賜給二人各壹妾，禦衣壹套，絹五十匹、綿五十斤。 公元416年（泰常元年）八月，東晉太尉劉裕北伐後秦，水陸並進。晉軍勢如破竹，後秦連連敗退。
公元417年（泰常二年）三月，劉裕率水軍自淮、泗入清河，準備逆黃河西上，為順利進軍關中，劉裕派人假道於魏。拓跋嗣召集群臣商討對策，北魏滿朝公卿大臣群起反對，認為劉裕此舉必定圖魏，應該出兵阻止劉裕軍隊沿河西上。只有崔浩站出來反對說：“柔然不斷向我侵擾，國內缺糧，我們不宜出兵迎敵。如果向南出兵，則北寇進擊；如果出兵救北方，則東方又面臨危險。因此，不如借道劉裕，縱其入關，然後堵塞其歸路。這樣就像卞莊打虎，專等兩虎咬鬥之後再動手，就可以壹舉兩得。”
拓跋嗣還是擔心中了劉裕之計，最終沒有同意崔浩的建議，派司徒長孫嵩帶領步騎十萬人駐於黃河以北，並派出數千騎兵於黃河北岸跟隨與監視劉裕軍的西上。劉裕進軍受阻，遂於四月以車兵弓弩兵及長矛兵等組成“卻月陣”，魏軍以3萬騎進攻，大敗而歸，阿薄幹等被斬。拓跋嗣聞魏軍慘敗，後悔不叠，恨不能用崔浩之計。
等到劉裕兵臨潼關時，拓跋嗣又問計於崔浩，崔浩回復說：“過去姚興好虛名，而無實用。子姚泓又生病，眾叛親離。劉裕乘人之危，兵精將勇，以臣看來，勝利在握。”
拓跋嗣問：“劉裕軍事才能與慕容垂相比如何？”崔浩說：“劉裕更強。”太宗問：“妳說說怎麽個強法？”崔浩說：“慕容垂借父祖二世為君的資本，出生時便已尊貴，同類歸之，就如夜蛾赴火，稍加努力，便足立功。劉裕則從寒微叢中挺拔而出，沒有壹尺土地作為資本，沒有壹卒可供調用，他奮臂大呼而剿滅桓玄，北擒慕容超，南摧盧循等，篡奪晉權，遂執國政。劉裕如果平定姚泓回來，必定取代其主，這是必然的事情。秦地戎夷之人混雜並居，乃虎狼之國，劉裕也不能好好守住它。風俗不同，人情難變，想在三秦之地行荊揚教化，就如無翼而想飛，無足而欲走，是不可能的。如留兵守之，必然是給敵人幫忙。孔子說：善人治邦百年，可以勝殘去殺。現在秦人難制，壹、二年間哪能是劉裕做得到的呢？我們暫時可治戎束甲，息民守境，以待其歸，秦地終當為我國所有。我們盡可坐而待之。”
拓跋嗣說：“劉裕已經入關，不能進退，我派精銳騎兵南襲彭城、壽春，劉裕哪裏能自立？”崔浩說：“現在西北二寇未滅，陛下不可親自率領六軍出征。兵眾雖盛，而將領之中卻無韓信、白起。長孫嵩有治國之才，而沒有進取之能，不是劉裕的對手。臣認為待之不晚。”拓跋嗣笑著說：“妳思量的我已知道了。”
崔浩說：“臣曾經私下評論近世人物，不敢不讓陛下知道。如像王猛治國，是苻堅的管仲；慕容玄恭輔佐少主，是慕容暐的霍光；劉裕平定逆亂，是司馬德宗的曹操。”拓跋嗣說：“妳認為先帝如何？”崔浩說：“小人管窺蠡測，怎能發現蒼天的廣大。即使如此，太祖任用漠北淳樸之人，南入中原，變風易俗，化披四海，自當與伏羲、神農齊列，為臣豈能仰其名節。”拓跋嗣說：“屈丐怎樣？”崔浩說：“屈丐家國夷滅，壹身孤寄，被姚氏封官任用。不思樹黨強鄰，報仇雪恥，於是結忿於蠕蠕，背德於姚興，豎逆小人，無大謀略，殘酷暴虐，終將為人所滅。”拓跋嗣大為高興，二人說到午夜，拓跋嗣賜給他禦縹酒十觚、水精戎鹽壹兩，說：“朕品味妳說的話，如這鹽酒，所以與妳同享。” 公元418年（泰常三年），彗星出天河口，進入太微，經過北鬥，中間通過紫微，侵犯天樞，前後八十多天，至漢而滅。拓跋嗣又召諸儒術士問道：“而今天下未統壹，四方對峙，災兆之應，將在哪個國家？朕很是害怕，大家盡量說來，不要隱瞞什麽。”眾人都推舉崔浩應對。崔浩說：“古人有言，大凡災異的產生，都是由人而起。人若沒有過失，妖異之象不會出現。所以人失於下，則災變見於上，天事恒象，百代不改。《漢書》記載王莽篡位之前，彗星出入，正與今天相同。國家之中主尊臣卑，上下有序，百民沒有異心。只有僭晉卑陋削小，主弱臣強，累世遭到欺淩，故而桓玄逼奪，劉裕握權。彗孛，為惡氣所生，是應僭晉將滅而劉裕篡權的征兆。”眾人無人能說出與崔浩不同的話來。拓跋嗣深信不疑。
公元420年（泰常五年），劉裕果然廢了司馬德文自立為帝。南邊邊鎮奉上劉裕改元赦書。當時拓跋嗣到東南舄鹵池射鳥，聽說這事後，馳馬召崔浩，對他說：“往年妳說彗星的蔔占應驗了，朕今天才信天道。”
當初，崔浩父親病重，崔浩剪指甲截發，晚上在庭院中仰祈北鬥，為父親請求壽命，請求以身代父，叩頭叩得流血。壹年多都不停息，家裏還幾乎沒人知道。等到父親逝世，守喪盡節盡禮，時人都很稱道他。崔浩襲爵白馬公。朝廷禮儀、優文策詔、軍國書記，全是崔浩負責。崔浩能為雜說議論，並不擅長寫文章，而只是留心於制度、科律以及經術的言辭。制作家祭辦法，排列五宗次序，制定蒸嘗之禮，豐儉之節，義理明白可觀。生性不好老、莊之書，每次讀不過數十行，就丟了，說：“這些矯飾誣妄的論述，不近人情，必定不是老子所寫的。老聃演習禮義，仲尼師從他，哪裏會著敗壞禮法之書，以亂先王之教呢。這就是袁生所謂家人筐篋裏的物品，不可在王庭中宣揚。” 拓跋嗣經常有小病纏身，怪異東西屢屢看見，於是他派宦官秘密地問崔浩說：“《春秋》說：星孛北鬥，七國的君主都將有災。今天日蝕於胃昂，盡光於趙、代之分野，朕已病了好幾年，醫療救治倒也無大損害，我擔心壹旦不行了，諸子都還年少，那該怎麽辦呢？妳為我作百年後的打算。”崔浩說：“陛下您春秋富盛，事業如日中天，以德除災，很快就會好起來的。況且天道玄渺高遠，或消或應。過去宋景見災修德，熒惑退居。臣願陛下排遣諸多憂慮，寧神保和，納禦嘉福，不以愚昧之說，致損聖恩。必不得已，請陳妄言。自皇朝聖化龍興，不設立儲君，所以永興年間開始，國家社稷幾近危難。今天應早建東宮，選用公卿中忠正賢良、陛下壹向信任的臣僚充當師傅，左右侍臣忠誠聖上的充當賓友，讓他入總萬機，出統軍隊政務，監國撫軍，六柄在手。如這樣，那陛下就可以優遊無為，頤神養壽，進禦醫藥。陛下百年之後，國有成主，民有所歸，那奸邪之人只有息望作罷，也沒有什麽空隙可鉆的了。這乃是萬世的令典，免禍的大略。而今皇長子燾，年紀將滿十二歲，聰慧敏睿溫良謙和，眾情所系，現在登上儲君的位置，那是天下的幸事。立子以長，禮儀所定。如必須等到他們都成人了然後再擇儲君，倒錯天倫，則會生出履霜踐冰之禍，自古以來，典籍所記，興衰存亡，很少不由此的。”
拓跋嗣接受了崔浩的意見，於是讓他奉策告示宗廟，命拓跋燾為國家副君，居正殿臨朝聽政。司徒長孫嵩、山陽公奚斤、北新公安同為左輔，坐東廂面西；崔浩與太尉穆觀、散騎常侍丘堆為右弼，坐西廂面東。百僚各司其職聽從調遣。拓跋嗣避居西宮，時隱而暗察之，聽其決斷朝政，大為高興，對左右侍臣說：“長孫嵩宿德舊臣，歷侍四朝，功存社稷；奚斤辯捷智謀，名聞遐邇；安同通曉俗情，明練政務；穆觀達於政要，識朕意圖；崔浩博聞強識，精於天人之會；丘堆雖無大用，然而在公事上專心嚴謹。有這六個人作為輔佐，我與妳們優遊四境，伐叛安民，可以意氣奮發於天下了。”群臣不時陳奏疑難問題，拓跋嗣說：“這不是我所知道的，應當由妳們的國主來決斷。” 公元422年（泰常七年），劉裕去世，拓跋嗣想攻取洛陽、虎牢、滑臺。崔浩說：“陛下不以劉裕篡位為懷，接受他的貢物和使者，劉裕也敬侍陛下。不幸他今天死了，我們乘喪討伐他們，即使得手也不光彩。《春秋》說：晉國士丐率軍侵犯齊國，聽說齊侯去世，便撤回軍隊。君子以不伐喪為大禮，認為恩足以感動孝子，義足以動諸侯。而今國家也不能壹舉而定江南，應該派人前去吊祭慰問，存其孤弱，憐其兇災，布義風於天下，令德好事指的就是這些。如此，則會教化披蓋荊、揚，南金象牙羽毛之類珍奇，可以不求而自至。劉裕剛死，黨羽未離，我們兵臨其境，他們必定齊心迎戰，這樣我們不壹定能夠得手，不如慢慢處置，等待敵方出現內訌。假如他們國中強臣爭權，變難壹定蜂起，然後我們命將揚威出征，就可不勞士卒，坐收淮北之地。”
拓跋嗣堅決要南伐，詰難崔浩說：“劉裕因姚興死而滅其國，劉裕死了我討伐他，怎麽不可以呢？”崔浩堅持說：“姚興死時，二子紛爭，劉裕才討伐他們。”拓跋嗣大怒，不聽崔浩的話，於是派奚斤南伐。群臣討論說：“先攻城呢？還是先搶地盤？”奚斤說：“請先攻城。”崔浩說：“南方人善於守城，苻堅攻打襄陽，經年不拔。今天以大國的力量攻其小城，如不及時攻克，挫損軍勢，敵人便能徐徐嚴整而來。我疲怠敵人精銳，這是危險的做法。不如分軍略地，到淮河為限，列置守宰官員，收聚租谷。滑臺、虎牢反而在我軍北面，南邊救援的希望斷絕，必定沿河東逃。如不這樣，就會成為我們的掌中之物。”公孫表請求先攻城池。奚斤等渡過黃河，先攻滑臺，經久不拔，上表請求援軍。拓跋嗣發怒，於是親自南巡。拜崔浩為相州刺史，加左光祿大夫，隨軍為謀主。
等到拓跋嗣車駕歸來，崔浩跟隨其出巡西河、太原。崔浩登高坡之上，下臨黃河滾滾河水，旁覽山川，感興大發，於是與同僚討論五等郡縣的是與非，考查秦始皇、漢武帝的得失。對他的好古識治，大家深為折服。天師寇謙之每與崔浩談話，聽其論古代治亂之跡，常常自夜達旦，神情嚴肅，從不懈倦。隨既而贊嘆說：“妳的話很好，都可實行，妳也可以稱得上是當今的臯繇了。但是世人因為貴遠賤近，不能深刻理解妳的話。”因此對崔浩說：“我行道隱居，不營世務，突然聽到神中訣語，要我應兼修儒教，輔助泰平真君，繼千年斷絕的皇統緒脈。而我學不稽古，臨事暗昧，卿就為我撰列王治典，並論述其大要吧。”崔浩於是著文二十多篇，上推太初，下盡秦漢變弊之跡，大意先以復五等郡縣為本。 公元423（泰常八年 ）十壹月，拓跋燾即位，是為北魏太武帝。左右官員忌恨崔浩正直，壹起排擠毀謗他。拓跋燾雖然知道他的才能，但不能不接受眾議，故罷黜崔浩，讓他以公爵的身份歸家閑居。碰到有什麽疑難，便召來請教。崔浩皮膚纖細潔白，就如美貌的婦人。而性情敏達，長於計謀，經常自比張良，說自己通古方面還勝過他。既然休閑在家，因此打算修煉服食養性之術，而寇謙之有《神中錄圖新經》，崔浩便拜他為師。
始光年間，晉升崔浩東郡公的爵位，拜他為太常卿。當時正議論討伐赫連昌的事。群臣都認為這是件難事，只有崔浩說：“往年以來，熒惑星再次守住羽林星，並都形成鉤己之狀，這就預蔔了秦的滅亡。而且今年五星壹齊出於東方，這是有利於西伐的征兆，天應人和，時機到齊了，不可失去這個機會啊。”拓跋燾於是命令奚斤等人出擊蒲板壹帶，自己親率輕騎奇襲赫連昌的都城，大勝而歸。後來拓跋燾又要再次征討赫連昌，到了統萬城城下，收集兵馬假裝撤退。赫連昌鼓噪而來，沖突前進，將陣營舒展鋪開為兩翼，時值風雨從東南而來，沙塵暴虐，天地昏暗，宦官趙倪向拓跋燾進言說：“現在風雨從敵軍後面而來，我軍正向著風沙而敵人則背著風沙，天不助我，況且將士又十分饑渴。希望陛下領著隊伍躲避他們，待日後再圖大舉。”崔浩叱責他說：“這是什麽話！千裏之外前來制勝，壹日之中怎麽能有變化呢？賊軍現前行不能停止，和後方遠離斷絕，更適宜我軍分隊隱蔽出擊，乘他們不註意而攻打他們。對付風的辦法在於人的謀劃，有什麽規律可循呢！”於是拓跋燾重新部署，全力反攻，夏軍終於撐不住，全軍崩潰。赫連昌來不及跑進城，於是便逃奔上邦。 破統萬城之後，拓跋燾為擺脫北面柔然與南朝宋腹背受敵的威脅，決意集中力量打擊柔然。公卿大臣們擔心宋軍乘機北進，竭力勸阻，只有太常崔浩極力贊成，他很有把握地說：‘劉宋自劉裕去世後，元氣壹直未恢復，對我構不成直接威脅。我們統壹北方的大業，首先應對北方的強國夏國、蠕蠕（柔然）下手。夏國已被我打敗，大傷元氣，氣數已盡，滅亡夏國已是時間問題了。蠕蠕氣焰囂張，不可壹世，常口吐狂言，我還未真正重創它，所以必須調集精兵，趁蠕蠕驕橫輕敵的時機，以迅雷不及掩耳之勢，長驅直入蠕蠕境內，出其不意，攻其無備，到時壹定能獲全勝！”
於是群臣推舉太史令張淵、徐辯出面勸阻。張淵年輕的時候，由於曾經勸阻過苻堅，不可以南伐，苻堅不肯接受，結果大敗而名噪壹時。拓跋燾命令當庭辯論。張淵的理由是：“當年是已己年，屬於‘三陰之歲’，‘太白在西方’，故不能舉兵，否則必定失敗。”崔浩針鋒相對，說：“陽是恩德，陰是刑殺，所以出現日食時，君主要積德，出現月食的時候，要註意刑罰。帝王使用刑法，對犯罪的人則綁縛肆市處決，對於犯大罪的敵國，就應該使用甲兵消滅它們。今天出兵討伐有罪之國，正是加強刑罰。我觀察天象，近年以來月亮運行遮蓋昴星，到現在仍然如此。這表明，三年之內天子將大破旄頭星之國。柔然、高車都是旄頭星的部眾，希望陛下不要猶豫。”張淵等人羞愧難言，辯解說：“柔然，是遠荒外不確定的東西。我們得到他們的土地，也不能耕種收獲糧食，得到他們的百姓也不能當做臣民驅使。而且他們疾速往來，行動沒有規律，很難攻取並徹底制服，有什麽事如此急迫，要動員大隊人馬去討伐他們？”
崔浩說：“張淵、徐辯如果談論天文，還是他們的本職，至於說到人間的事情和當前的形勢，恐怕不是他們能確切了解的。這是漢朝以來的老生常談，用在今天，完全不切實際。為什麽呢？柔然本來是我們國家北方的藩屬，後來背叛而去。今天我們要謀殺叛賊元兇，收回善良的百姓，使他們能夠為我國效力，不是毫無用處的。世上的人都信服張淵、徐辯深通天文，預知成功或失敗。那麽，我倒想問問他們，在統萬城沒有攻破之前有沒有潰敗的征兆？如果不知道，是沒有能力；如果知道了卻不說，是對陛下不忠。”當時前夏主赫連昌在座，張淵等人自以無先言，慚不能對。拓跋燾非常高興，對大臣們說：“我已決定了。亡國之臣不可以同之相謀劃，確實是可信的呀。”
為了打消拓跋燾最後的疑慮，崔浩又進言：“劉義隆今日君臣，非劉裕時可比，他們如果敢來，譬如小馬小牛鬥虎狼，有何畏懼？’如今夏季，柔然的習慣分散放牧，秋天牲畜肥壯，方才集中，天寒時南下擄奪，出其不意，大舉襲擊，必定成功，只怕諸將不肯深入，不能全勝’。”崔浩口若懸河，舌戰群臣，終於令拓跋燾徹底打消了疑慮，決計大舉討伐柔然。這次遠征，根據崔浩的“出其不意，攻其無備”的謀略，果然取得了關鍵性的勝利，柔然主力潰敗，提出和親。從此不再是北魏的主要威脅。也正如崔浩的擔心，當魏軍進到琢琊山，諸將怕有伏兵，勸佛貍停止進軍，七月，魏軍班師。後來得到情報，再前進兩天，就可以把殘部消滅光。拓跋燾後悔不已。 公元432年（延和元年）拓跋燾又滅了北燕，在統壹北方的道路上，只剩下西北角的北涼茍延殘喘。
公元439年（太延五年），拓跋燾討論伐諒之事，群臣反對，尤其是李順反對得最厲害，李順作為拓跋燾的特使出使北涼12次，對北涼的情況了如指掌。也曾在拓跋燾面前預言北涼沮渠氏離敗亡不遠了。但是此人貪財，逐漸被北涼的沮渠氏用重金收買。拓跋燾以前數次想動手收拾北諒，都被李順勸阻。這次他看到拓跋燾決心很大，只好編造謊言說：“從溫圉水以西直到姑臧，遍地都是枯石，絕對沒有水草。當地人說‘姑臧城南的天梯山上，冬天有積雪，深達幾丈，春季和夏季的時候，積雪融化，從山上流下來，形成河流，當地居民就是引雪水入渠，灌溉農田。如果涼州人聽說我們大軍開到，壹定會斷絕渠口，讓水流盡，我軍的人馬就無水可用。姑臧方圓百裏之內，土地因無水寸草不生，我軍人馬難以久留。”
崔浩反駁說：“《漢書·地理誌》中講道：涼州的畜產，天下最為富饒。如果那裏沒有水草，牲畜怎麽繁殖？另外，漢朝絕不會在沒有水草的土地上興築城郭，設置郡縣。況且，高山冰雪融化以後，只能浸濕地皮，收斂塵土，怎麽能夠挖通渠道，灌溉農田呢！這種話實在是荒謬不可信。”李順惱羞成怒地說“耳聞不如眼見。我曾經親眼看到，妳有什麽資格和我辯論？”崔浩壹針見血地說：“妳接受了金錢賄賂，就想要替人家說話，妳以為我沒有親眼看到就能被妳蒙蔽嗎？”
後來拓跋燾決意親率大軍討伐，當看到姑臧城外水草茂盛，便十分痛恨李順，對崔浩說：“妳當年說過的話，今天果然應驗了。”崔浩回答說：“我不敢不講實話，壹向如此。”而李順不知悔改，三年後奉旨賞賜群臣時又接受賄賂，拓跋燾大為震怒，兩罪俱發，處死了李順。 除了以上事件中以外，崔浩在平息薛永宗，蓋吳暴亂，征討吐沒骨部落，吐谷渾以及南征劉宋等戰爭中屢獻奇謀，屢建奇功。
拓跋燾曾對崔浩說：‘妳才智淵博，歷事我的祖父與我父親，盡忠三世，因此我對妳特別看重。希望妳凡有所思，直言相告，助我治世。我有時脾氣不好，也許不能采納妳的建議，但過後靜思，卻總覺得妳說得很有道理’ 他還曾指著崔浩，對新歸降的高車酋長們說：’妳們別看此人纖弱不堪，手無縛雞之力，但他胸中所懷，卻遠遠勝過甲兵。但我征戰前猶豫不決之時，都是他使我下定決心，而且總是大獲全勝。這都是他的功勞！”他曾召集眾尚書，下令道：“日後凡屬軍國大計，妳們不能決定的，都應先征詢崔浩的意見，然後再可實施’。”拓跋燾對崔浩不僅是信任，而且很親近。他有時到崔浩家中向他請教，崔浩接待皇帝倉促之間，來不及制作精美的食品，就搬出家常菜肴，拓跋燾總是高高興興拿起來就吃。崔浩進宮見駕，地點也不限於朝堂，可以出入臥室。 在拓跋燾鎮壓蓋吳起義的過程中，崔浩曾親見寺僧藏匿武器，崔浩篤通道教，主張廢佛。拓跋燾由此下令關閉長安沙門，焚燒寺院，搗毀佛像，史稱“三武之禍”。寇謙之以殺僧過多，曾苦求崔浩，阻止滅佛行動，崔浩不但沒有聽從，反而極力勸告拓跋燾要加大打擊佛教的力度。當時「壹境之內，無復沙門」，朝野間怨聲載道。崔浩掌權後，企圖按照漢族的世家大族的傳統思想，整理、分別和規定氏族的高下。
在公元431年（神麚三年）九月時，崔浩便“欲大整流品，明辨姓族”，表弟盧玄勸阻他說：“創制立事，各有其時；樂意做這件事的人，能有幾人！請妳要三思。” 但崔浩不從，從而得罪了眾多的鮮卑貴族。
崔浩之弟崔恬嫁女兒給王慧龍，王氏是太原大族，世代遺傳齇鼻，在江東被稱為“齇王”。崔浩見王慧龍時，壹看到他的齇鼻，就說：“的確是王家男兒，真是貴種！”又多次對朝中的鮮卑諸公稱贊他長得俊美。司徒長孫嵩聽了大不高興，就向太武帝告狀，說王慧龍是從南方歸降的，崔浩嘆服南人，是“有訕鄙國化之意”。
拓跋燾大怒，把崔浩傳來訓斥，崔浩脫帽叩頭，自責了壹番才得到寬恕。 太子拓跋晃監國時，崔浩自恃才略及拓跋燾所寵任，專制朝權。壹次曾推薦冀、定、相、幽、並五州人士數十人，皆起家為郡守。拓跋晃對崔浩說：“早先征聘的人才，也是被作為州郡官入選的，他們擔任這壹職務已經很久了，辛勤勞苦卻壹直沒得到過朝廷的報答，應該首先補充他們作郡縣守令，讓新征聘的人代替他們做郎吏。而且太守、縣令管理百姓，應該由經歷過世面有經驗的人來擔當。”崔浩固執己見，最終把他推薦的人派出去任職。當時，中書侍郎、領著作郎高允知道後，對東宮博士管恬說：“恐怕免不了壹場災禍。為了順遂自己未必正確的私心而同朝廷有權勢的人對抗爭勝，他將用什麽來保全自己呢！”
但給崔浩帶來殺身之禍的直接原因，是《國書》事件。
在公元439年（太延五年）十二月時，拓跋燾命崔浩以司徒監秘書事，中書侍郎高允、散騎侍郎張偉參著作事，續修國史。拓跋燾叮囑他們，寫國史壹定要根據實錄。崔浩他們按照這個要求，采集了魏國上代的資料，編寫了壹本魏國的國史。當時，拓跋燾要編國史的目的，本來只是留給皇室後代看的。但是《國記》修畢後，參與其事的著作令史閔湛、郗標建議把《國記》刊刻在石上，以彰直筆，同時刊刻崔浩所註的《五經》。閔湛、郗標巧言令色，平時以諂事崔浩而獲得崔浩的歡心。他們的建議被崔浩采納，拓跋晃也表示贊賞。於是，在天壇東三裏處，營造了壹個《國書》和《五經註》的碑林，方圓壹百三十步，用工三百萬才告完成。 由於《國記》秉筆直書，盡述拓跋氏的歷史，詳備而無所避諱，其中直書了拓跋氏壹些不願人知的早期歷史。而石碑樹立在通衢大路旁，引起往來行人議論。鮮卑貴族看到後，無不憤怒，先後到拓跋燾前告狀，指控崔浩有意暴揚國惡。拓跋燾命令收捕崔浩及秘書郎吏，審查罪狀。崔浩被捕後，承認自己曾經接受過賄賂。其實他對自己所犯何罪，也不明白。拓跋燾親自審訊他時，他惶惑不能應對。
公元450年7月5日（太平真君十壹年六月己亥），太武帝誅殺崔浩。在送往城南行刑時，“衛士數十人溲（撒尿）其上，呼聲嗷嗷，聞於行路。自宰司之被戮，未有如浩者”。同時，秘書郎吏以下也都被殺，而清河崔氏同族無論遠近，姻親範陽盧氏、太原郭氏、河東柳氏都被連坐滅族。史稱“國史之獄”
北方士族在“國史之獄”遭到了沈重打擊。宋人劉攽等說：“拓跋氏乘後燕之衰，蠶食並、冀，暴師喋血三十余年，而中國略定。其始也，公卿方鎮皆故部落酋大，雖參用趙魏舊族，往往以猜忌夷滅”。他們指出鮮卑貴族與趙魏大族的矛盾，是頗有見地的，而崔浩正是這種矛盾的犧牲品，“國史之獄”只不過是壹個借口罷了。
不久，太武帝北巡陰山，後悔誅殺崔浩。時北部尚書宣城公李孝伯病世，拓跋燾說：“李宣城可惜！”既而又說：“朕失言，崔司徒可惜，李宣城可哀！”