首屆中國大學生女子足球聯賽2003年9月6日在山東大學拉開帷幕，官方作2002-2003飛利浦中國大學生女子足球聯賽（2002-2003僅表示與男子足球聯賽同步），***60支球隊參賽，不設省內預賽（省市區委派或自行組織比賽選拔），分為東西南北四個賽區進行，***12支球隊進軍全國總決賽，分別與中國大學生足球聯賽的分區賽和總決賽同時進行。第二屆的比賽僅分為南北兩個賽區，各三支球隊晉級全國總決賽。第三屆聯賽更名中國大學生女子足球錦標賽，球隊05年為20支，06年為21支，07年為17支，08為15支，且不再設分區賽，而是給予各省市區不同的參賽名額（1或2個）。由於聯賽（錦標賽）中部分球隊中都有大批退役甚至現役專業球員，因此最晚在2007年的中國大學生女子足球錦標賽上開始分成甲組（普通高校學生）和乙組（專業組）各6支球隊分別進行並最終分別決出冠亞季軍，乙組為專業組，球隊都是專業隊，說平也最高。再次更回原名的2009-2010中國大學生女子足球聯賽總決賽上甲組和乙組（專業組）各有6支球隊分，在乙組決賽中東道主北京師範大學隊由國腳由韓端打入壹球2:1奪冠。
2003年以北京師範大學女子足球隊為班底的中國女子大學生足球隊參加了2003年在韓國舉行的大學生運動會女足比賽上獲得季軍，而以徐州師範大學和河海大學聯合組隊的中國隊則在2005年的世界大學生運動會上獲得亞軍。