但是，電子簽章的應用電子合同的推廣還有不少難題。以美國為例，雖然2000年克林頓政府就簽署了電子簽名法案，但就算在科技發展較快的美國電子簽章技術也未能適用於全部行業；而技術落後問題在中國較嚴重，且還存在市場認可問題。
再有，我國的《電子簽名法》要順利落實函待於大量配套規章和司法解釋的補充完善，如：如何保護電子簽章人的個人信息安全，如何規範認證服務機構的行為等。
此外，中國信用體系不健全，社會信任體系不完善；目前傳統的紙質合同尚且存在很多欺詐行為和糾紛，要使電子合同發展得更好，就必須進壹步健全完善社會信用體系，按“法的準則”，“誠實生活，不害他人，各得其所”，在貿易夥伴之間建立起相互信任的關系。